Library    |     Search    |     Batch query    |     SNP    |     SSR  

Alignment for radish unigene UN00259

               1      -     51
UN00259        --> AAAAAAACAAATAATAAATTTTATTATTTTATTGATTATTACTAATATGG
                   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
EX761825       <-- ...agAACAAATAATAAATTTTATTATTTTATTGATTATTACTAATATGG
EX762385       <-- ggaagAACAAATAATAAATTTTATTATTTTATTGATTATTACTAATATGG
EY905208       <-- .gaagAACAAATAATAAATTTTATTATTTTATTGATTATTACTAATATGG
FD580061       <-- agaagAACAAATAATAAATTTTATTATTTTATTGATTATTACTAATATGG
FD955253       <-- .gaagAACAAATAATAAATTTTATTATTTTATTGATTATTACTAATATGG
EW716885       <-- ............................TTATTGATTATTACTAATATGG
EY939552       <-- ............................TTATTGATTATTACTAATATGG
FD583925       --> AAAAAAACAAATAATAAATTTTATTATTTTATTGATTATTACTAATATGG
EY901690       --> .gaagAACAAATAATAAATTTTATTATTTTATTGATTATTACTAATATGG
EW721332       --> ............aaaAAATTTTATTATTTTATTGATTATTACTAATATGG
EY935462       --> ............................TTATTGATTATTACTAATATGG

               51     -    101
UN00259        --> TAACAATCATTTATACAACCAATAACAGAGTTTAAAATAATAAAAAATGA
                   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
EX761825       <-- TAACAATCATTTATACAACCAATAACAGAGTTTAAAATAATAAAAAATGA
EX762385       <-- TAACAATCATTTATACAACCAATAACAGAGTTTAAAATAATAAAAAATGG
EY905208       <-- TAACAATCATTTATACAACCAATAACAGAGTTTAAAATAATAAAAAATGA
FD580061       <-- TAACAATCATTTATACAACCAATAACAGAGTTTAAAATAATAAAAAATGA
FD955253       <-- TAACAATCATTTATACAACCAATAACAGAGTTTAAAATAATAAAAAATGA
EW716885       <-- TAACAATCATTTATACAACCAATAACAGAGTTTAAAATAATAAAAAATGA
EY939552       <-- TAACAATCATTTATACAACCAATAACAGAGTTTAAAATAATAAAAAATGA
FD583925       --> TAACAATCATTTATACAACCAATAACAAAGTTTAAAATAATAAAAAATGA
EY901690       --> TAACAATCATTTATACAACCAATAACAGAGTTTAAAATAATAAAAAATGA
EW721332       --> TAACAATCATTTATACAACCAATAACAGAGTTTAAAATAATAAAAAATGA
EY935462       --> TAACAATCATTTATACAACCAATAACAGAGTTTAAAATAATAAAAAATGA

               101    -    151
UN00259        --> AATTAATCATTTGATAATATAGGGATTCCATTTTTAAAATAAACCAAAAA
                   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
EX761825       <-- AATTAATCATTTGATAATATAGGGACGCCATTTTTAAAATAAACCAAAAA  Raphanus raphanistrum subsp. raphanistrum (NY)
EX762385       <-- AATTAATCATTTGATAATATAGGGATGCCATTTTTAAAATAAACCAAAAA  Raphanus raphanistrum subsp. raphanistrum (NY)
EY905208       <-- AATTAATCATTTGATAATATAGGGATGCCATTTTTAAAATAAACCAAAAA  Raphanus raphanistrum subsp. raphanistrum (MS)
FD580061       <-- AATTAATCATTTGATAATATAGGGATTCCATTTTTAAAATAAACCAAAAA  Raphanus sativus cv Rat-Tail Radish #3870
FD955253       <-- AATTAATCATTTGATAATATAGGGATTCCATTTTTAAAATAAACCAAAAA  Raphanus sativus cv Rat-Tail Radish #3870
EW716885       <-- AATTAATCATTTGATAATATAGGGATTCCATTTTTAAAATAAACCAAAAA  Raphanus sativus var. oleiformis
EY939552       <-- AATTAATCATTTGATAATATAGGGATTCCATTTTTAAAATAAACCAAAAA  Raphanus sativus cv Early Scarlet Globe
FD583925       --> AATTAATCATTTGATAATATAGGGATTCCATTTTTAAAATAAACCAAAAA  Raphanus sativus cv Rat-Tail Radish #3870
EY901690       --> AATTAATCATTTGATAATATAGGGATGCCATTTTTAAAATAAACCAAAAA  Raphanus raphanistrum subsp. raphanistrum (MS)
EW721332       --> AATTAATCATTTGATAATATAGGGATTCCATTTTTAAAATAAACCAAAAA  Raphanus sativus var. oleiformis
EY935462       --> AATTAATCATTTGATAATATAGGGATTCCATTTTTAAAATAAACCAAAAA  Raphanus sativus cv Early Scarlet Globe

               151    -    201
UN00259        --> GTGGTGCTCTAACTTGGTTGATTCACTTTTTCTGGCCACGGTCGCAACGT
                   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
EX761825       <-- GTGGTGCTCTAACTTGGTTGATTCACTTTTTCTGGCCAC---GGCAACGT  Raphanus raphanistrum subsp. raphanistrum (NY)
EX762385       <-- GTGGTGCTCTAACTTGGTTGATTCACTTTTTCTGGCCAC---GGCAACGT  Raphanus raphanistrum subsp. raphanistrum (NY)
EY905208       <-- GTGGTGCTCTAACTTGGTTGATTCACTTTTTCTGGCCAC---GGCAACGT  Raphanus raphanistrum subsp. raphanistrum (MS)
FD580061       <-- GTGGTGCTCTAACTTGGTTGATTCACTTTTTCTGGCCACGGTCGCAACGT  Raphanus sativus cv Rat-Tail Radish #3870
FD955253       <-- GTGGTGCTCTAACTTGGTTGATTCACTTTTTCTGGCCACGGTCGCAACGT  Raphanus sativus cv Rat-Tail Radish #3870
EW716885       <-- GTGGTGCTCTAACTTGGTTGATTCACTTTTTCTGGCCACGGTCGCAACGT  Raphanus sativus var. oleiformis
EY939552       <-- GTGGTGCTCTAACTTGGTTGATTCACTTTTTCTGGCCACGGTCGCA-CGT  Raphanus sativus cv Early Scarlet Globe
FD583925       --> GTGGTGCTCTAACTTGGTTGATTCACTTTTTCTGGCCACGGTCGCAACGT  Raphanus sativus cv Rat-Tail Radish #3870
EY901690       --> GTGGTGCTCTAACTTGGTTGATTCACTTTTTCTGGCCACGG---CAACGT  Raphanus raphanistrum subsp. raphanistrum (MS)
EW721332       --> GTGGTGCTCTAACTTGGTTGATTCACTTTTTCTGGCCACGGTCGCAACGT  Raphanus sativus var. oleiformis
EY935462       --> GTGGTGCTCTAACTTGGTTGATTCACTTTTTCTGGCCACGGTCGCA-CGT  Raphanus sativus cv Early Scarlet Globe

               201    -    251
UN00259        --> TCTATAGTCTCGCAACCTCTCGCATATGGATTGGCTTCTTGCTTCTTGCA
                   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
EX761825       <-- TCTTCAGTCTCGCAACCTCTCGCATATGGATTGGCTTCTTGCTTCTTGCA  Raphanus raphanistrum subsp. raphanistrum (NY)
EX762385       <-- TCTTCAGTCTCGCAACCTCTCGCATATGGATTGGCTTCTTGCTTCTTGCA  Raphanus raphanistrum subsp. raphanistrum (NY)
EY905208       <-- TCTTCAGTCTCGCAACCTCTCGCATATGGATTGGCTTCTTGCTTCTTGCA  Raphanus raphanistrum subsp. raphanistrum (MS)
FD580061       <-- TCTATAGTCTCGCAACCTCTCGCATATGGATTGGCTTCTTGCTTCTTGCA  Raphanus sativus cv Rat-Tail Radish #3870
FD955253       <-- TCTATAGTCTCGCAACCTCTCGCATATGGATTGGCTTCTTGCTTCTTGCA  Raphanus sativus cv Rat-Tail Radish #3870
EW716885       <-- TCTATAGTCTCGCAACCTCTCGCATATGGATTGGCTTCTTGCTTCTTGCA  Raphanus sativus var. oleiformis
EY939552       <-- TCTATAGTCTCGCAACCTCTCGCATATGGATTGGCTTCTTGCTTCATGCA  Raphanus sativus cv Early Scarlet Globe
FD583925       --> TCTATAGTCTCCCAACCTCTCCCATATGGATTGGCTTCTTGCTTCTTGCA  Raphanus sativus cv Rat-Tail Radish #3870
EY901690       --> TCTTCAGTCTCGCAACCTCTCGCATATGGATTGGCTTCTTGCTTCTTGCA  Raphanus raphanistrum subsp. raphanistrum (MS)
EW721332       --> TCTATAGTCTCCCAACCTCTCCCATATGGATTGGCTTCTTGCTTCTTGCA  Raphanus sativus var. oleiformis
EY935462       --> TCTATAGTCTCGCAACCTCTCGCATATGGATTGGCTTCTTGCTTCATGCA  Raphanus sativus cv Early Scarlet Globe

               251    -    301
UN00259        --> GAATTGAGGGTGTAGTTTACTACAACCGAAACTGGGATCTCCATGATGAA
                   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
EX761825       <-- GAATTGAGGGTGTAGTTTACTACAACCGAAACTGGGATCTCCATGATGAA
EX762385       <-- GAATTGAGGGTGTAGTTTACTACAACCGAAACTGGGATCTCCATGATGAA
EY905208       <-- GAATTGAGGGTGTAGTTTACTACAACCGAAACTGGGATCTCCATGATGAA
FD580061       <-- GAATTGAGGGTGTAGTTTACTACAACCGAAAATGGGATCTCCATGATGAA
FD955253       <-- GAATTGAGGGTGTAGTTTACTACAACCGAAACTGGGATCTCCATGATGAA
EW716885       <-- GAATTGAGGGTGTAGTTTACTACAGCCGAAACTGGGATCTCCATGATGAA
EY939552       <-- GAATTGAGGGTGTAGTTTACTACAACCGAAACTGGGATCTCCATGATGAA
FD583925       --> AAATTGAGGGTGTAGTTTACTACAACCGAAAATGGGATCTCCATGATGAA
EY901690       --> GAATTGAGGGTGTAGTTTACTACAACCGAAACTGGGATCTCCATGATGAA
EW721332       --> AAATTGAGGGTGTAGTTTACTACAGCCGAAACTGGGATCTCCATGATGAA
EY935462       --> GAATTGAGGGTGTAGTTTACTACAACCGAAACTGGGATCTCCATGATGAA

               301    -    351
UN00259        --> GGGCACCATAATCTATGTATCTTGCCTCTATCTTGGTTGCTGCTAGAGCC
                   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
EX761825       <-- GGGCACCATAATCTATGTATCTTGCCTCTATCTTGGTTGCTGCTAGAGCC
EX762385       <-- GGGCACCATAATCTATGTATCTTGCCTCTATCTTGGTTGCTGCTAGAGCC
EY905208       <-- GGGCACCATAATCTATGTATCTTGCCTCTATCTTGGTTGCTGCTAGAGCC
FD580061       <-- GGGCACCATAATCTATGTATCTTGCCTCTATCTTGGTTGCTGCTAGAGCT
FD955253       <-- GGGCACCATAATCTATGTATCTTGCCTCTATCTTGGTTGCTGCTAGAGCT
EW716885       <-- GGGCACCATAATCTATGTATCTTGCCTCTATCTTGGTTGCTGCTAGAGCC
EY939552       <-- GGGCACCATAATCTATGTATCTTGCCTCTATCTTGGTTGCTGCTAGAGCC
FD583925       --> GGGCACCATAATCTATGTATCTTGCCTCTATCTTGGTTGCTGCTAGAGCT
EY901690       --> GGGCACCATAATCTATGTATCTTGCCTCTATCTTGGTTGCTGCTAGAGCC
EW721332       --> GGGCACCATAATCTATGTATCTTGCCTCTATCTTGGTTGCTGCTAGAGCC
EY935462       --> GGGCACCATAATCTATGTATCTTGCCTCTATCTTGGTTGCTGCTAGAGCC

               351    -    401
UN00259        --> AAGAACACCACAAGAGCCAGAGAGAAAATAACTTTAATAGTTTTAGATAT
                   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
EX761825       <-- AAGAACACCACAAGAGCCAGAGAAAAAATAACTTTAATAGTTTTAGATAT  Raphanus raphanistrum subsp. raphanistrum (NY)
EX762385       <-- AAGAACACCACAAGAGCCAGAGAAAAAATAACTTTAATAGTTTTAGATAT  Raphanus raphanistrum subsp. raphanistrum (NY)
EY905208       <-- AAGAACACCACAAGAGCCAGAGAAAAAATAACTTTAATAGTTTTAGATAT  Raphanus raphanistrum subsp. raphanistrum (MS)
FD580061       <-- AAGAACACCACAAGAGCCATAGAGAAAATAACTTTAATAGTTTTAGATAT  Raphanus sativus cv Rat-Tail Radish #3870
FD955253       <-- AAGAACACCACAAGAGCCATAGAGAAAATAACTTTAATAGTTTTAGATAT  Raphanus sativus cv Rat-Tail Radish #3870
EW716885       <-- AAGAACACCACAAGAGCCAGAGAGAAAATAACTTTAATAGTTTTAGATAT  Raphanus sativus var. oleiformis
EY939552       <-- AAGAACACCACAAGAGCCAGAGAGAAAATAACTTTAATAGTTTTAGATAT  Raphanus sativus cv Early Scarlet Globe
FD583925       --> AAAAACACCACAAGAGCCATAAAAAAAATAACTTTAATAGTTTTAAATAT  Raphanus sativus cv Rat-Tail Radish #3870
EY901690       --> AAGAACACCACAAGAGCCAGAGAAAAAATAACTTTAATAGTTTTAGATAT  Raphanus raphanistrum subsp. raphanistrum (MS)
EW721332       --> AAAAACACCACAAGAGCCAAAAAGAAAATAACTTTAATAGTTTTAAATAT  Raphanus sativus var. oleiformis
EY935462       --> AAGAACACCACAAGAGCCAGAGAGAAAATAACTTTAATAGTTTTAGATAT  Raphanus sativus cv Early Scarlet Globe

               401    -    451
UN00259        --> CCCCATATTATTGTTAATTATTTGTGTTGTTATTTTCCAAATAAATTAAA
                   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
EX761825       <-- CCCCATATTATTGTTAATTATTTGTGTTGTTATTTTCCAAATAAATTAAA
EX762385       <-- CCCCATATTATTGTTAATTATTTGTGTTGTTATTTTCCAAATAAATTAAA
EY905208       <-- CCCCATATTATTGTTAATTATTTGTGTTGTTATTTTCCAAATAAATTAAA
FD580061       <-- CCCCATATTATTGTTAATTATTTGTGTTGTTATTTTCCAAATAAATTAAA
FD955253       <-- CCCCATATTATTGTTAATTATTTGTGTTGTTATTTTCCAAATAAATTAAA
EW716885       <-- CTCCATATTATTGTTAATTATTTGTGTTGTTATTTTCCAAATAAATTAAA
EY939552       <-- CTCCATATTATTGTTAATTATTTGTGTTGTTATTTTCCAAATAAATTAAA
FD583925       --> CCCCATATTATTGTTAATTATTTGTGTTGTTATTTTCCAAATAAATTAAA
EY901690       --> CCCCATATTATTGTTAATTATTTGTGTTGTTATTTTCCAAATAAATTAAA
EW721332       --> Ctcc..............................................
EY935462       --> CTCCATATTATTGTTAATTATTTGTGTTGTTATTTTCCAAATAAATTAAA

               451    -    501
UN00259        --> TAAATAAATAGTTTATAAAAAAA-CTCCGATTAGGAGCTCAATTATTTTG
                   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
EX761825       <-- TAAATAAATACTTTATAAAAAAAACCCCGATCAGGAGCTCAATTATTTTG  Raphanus raphanistrum subsp. raphanistrum (NY)
EX762385       <-- TAAATAAATACTTTATAAAAAAA-CCCCGATCAGGAGCTCAATTATTTTG  Raphanus raphanistrum subsp. raphanistrum (NY)
EY905208       <-- TAAATAAATACTTTATAAAAAAA-CCCCGATCAGGAGCTCAATTATTTTG  Raphanus raphanistrum subsp. raphanistrum (MS)
FD580061       <-- TAAATAAATAGTTTATAAAAAA--CTCCGATTAGGAGCTCAATTATTTTG  Raphanus sativus cv Rat-Tail Radish #3870
FD955253       <-- TAAATAAATAGTTTATAAAAAAA-CTCCGATTAGGAGCTCAATTATTTTG  Raphanus sativus cv Rat-Tail Radish #3870
EW716885       <-- TAAATAAATAGTTTATAAAAAAA-CTCCGATTAGGAGCTCAATTATTTTG  Raphanus sativus var. oleiformis
EY939552       <-- TAAATAAATAGTTTATAAAAAAA-CTCCGATTAGGAGCTCAATTATTTTG  Raphanus sativus cv Early Scarlet Globe
FD583925       --> TAAATAAATAGTTTATAAAAAA--CTCCGATTAGGAGCTCAATTATTTTG  Raphanus sativus cv Rat-Tail Radish #3870
EY901690       --> TAAATAAATACTTTATAAAAAAA-CCCCGATCAGGAGCTCAATTATTTTG  Raphanus raphanistrum subsp. raphanistrum (MS)
EW721332       --> ..................................................  Raphanus sativus var. oleiformis
EY935462       --> TAAATAAATAGTTTATAAAAAAA-CTCCGATTAGGAGCTCAATTATTTTG  Raphanus sativus cv Early Scarlet Globe

               501    -    551
UN00259        --> TATTTATATATTTAATTGTATTTGGAATTTTCTCGGTCC..
                   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
EX761825       <-- TATTTATATATTTAATTGTATTTGGAATTTTCTCGGTggcc
EX762385       <-- TATTTATATATTTAATTGTATTTGGAATTTTCTCGGTCC..
EY905208       <-- TATTTATATATTTAATTGTATTTGGAATTTTCTCGGTCC..
FD580061       <-- TATTTATATATTTAATTGTATTTGGAATTTTCTCGGTCC..
FD955253       <-- TATTTATATATTTAATTGTATTTGGAATTTTCTCGGTCC..
EW716885       <-- TATTTATATATTTAATTGTATTTGGAATTTTCTCGGTCC..
EY939552       <-- TATTTATATATTTAATTGTATTTGGAATTTTCTCGGTCC..
FD583925       --> TATTTATATATTTAATTGTATTTGGAATTTTCTCGGTCC..
EY901690       --> TATTTATATATTTAATTGTATTTGGAATTTTCTCGGTCC..
EW721332       --> .........................................
EY935462       --> TATTTATATATTTAATTGTATTTGGAATTTTCTCGGTCC..