1      -     51
UN08731        --> CGGGTTCTTAGAAAAAAAATTAAATTTTAAACATCTCATTCTTCAAATTC
                   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
EW713917       <-- CGGGTTCTTAGAAAAAAAATTAAATTTTAAACATCTCATTCTTCAAATTC
EV548568       <-- ...........................................CAAATTC
EV551895       <-- ...........................................CAAATTC
EW713825       <-- ..................................................
EW718497       --> CGGGTTCTTAGAAAAAAAATTAAATTTTAAACATCTCATTCTTCAAATTC
EW718759       --> CGGGTTCTTAGAAAAAAAATTAAATTTTAAACATCTCATTCTTCAAATTC
EV544215       --> ...........................................CAAATTC
EV546915       --> ...........................................CAAATTC

               51     -    101
UN08731        --> AGATGCATCAATGGGATTATGTATTACTTGGGTTATTGGTACCTTTCTCA
                   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
EW713917       <-- AGATGCATCAATGGGAT-ATGTATTACTTGGGTTATTGGTACCTTTCTCA  Raphanus sativus var. oleiformis
EV548568       <-- AGATGCATCAATGGGATTATGTATTACTTGGGTTATTGGTACCTTTCTCA  Raphanus raphanistrum subsp. raphanistrum (NY)
EV551895       <-- AGATGCATCAATGGGATTATGTATTACTTGGGTTATTGGTACCTTTCTCA  Raphanus raphanistrum subsp. raphanistrum (NY)
EW713825       <-- ..................................................  Raphanus sativus var. oleiformis
EW718497       --> AGATGCATCAATGGGAT-ATGTATTACTTGGGTTATTGGTACCTTTCTCA  Raphanus sativus var. oleiformis
EW718759       --> AGATGCATCAATGGGAT-ATGTATTACTTGGGTTATTGGTACCTTTCTCA  Raphanus sativus var. oleiformis
EV544215       --> AGATGCATCAATGGGATTATGTATTACTTGGGTTATTGGTACCTTTCTCA  Raphanus raphanistrum subsp. raphanistrum (NY)
EV546915       --> AGATGCATCAATGGGATTATGTATTACTTGGGTTATTGGTACCTTTCTCA  Raphanus raphanistrum subsp. raphanistrum (NY)

               101    -    151
UN08731        --> CAAAACAAAACAGCTAAGCTCACATCAAATTCTAAAACCTTCAAAATCCG
                   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
EW713917       <-- CAAAACAAAACAGCTAAGCTCACATCAAATTTTAAAACCTTCAAAATCCA  Raphanus sativus var. oleiformis
EV548568       <-- CAAAACAAAACAGCTAAGCTCACATCAAATTCTAAAACCTTCAAAATCCG  Raphanus raphanistrum subsp. raphanistrum (NY)
EV551895       <-- CAAAACAAAACAGCTAAGCTCACATCAAATTCTAAAACCTTCAAAATCCG  Raphanus raphanistrum subsp. raphanistrum (NY)
EW713825       <-- ..........................................AAAATCCA  Raphanus sativus var. oleiformis
EW718497       --> CAAAACAAAACAGCTAAGCTCACATCAAATTTTAAAACCTTCAAAATCCA  Raphanus sativus var. oleiformis
EW718759       --> CAAAACAAAACAGCTAAGCTCACATCAAATTTTAAAACCTTCAAAATCCA  Raphanus sativus var. oleiformis
EV544215       --> CAAAACAAAACAGCTAAGCTCACATCAAATTCTAAAACCTTCAAAATCCG  Raphanus raphanistrum subsp. raphanistrum (NY)
EV546915       --> CAAAACAAAACAGCTAAGCTCACATCAAATTCTAAAACCTTCAAAATCCG  Raphanus raphanistrum subsp. raphanistrum (NY)

               151    -    201
UN08731        --> CAAGTTATCTCCAAAATCAAACCTTGCTTCCGCTGCTGTCGTTGCTGCTA
                   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
EW713917       <-- CAAGTTATCTACAAAATCAAACCTTGCTTCCGCTGCTGTCGTTGCTGCTA  Raphanus sativus var. oleiformis
EV548568       <-- CAAGTTATCTCCAAAATCAAACCTTGCTTCCGCTGCTGTCGTTGCTGCTA  Raphanus raphanistrum subsp. raphanistrum (NY)
EV551895       <-- CAAGTTATCTCCAAAATCAAACCTTGCTTCCGCTGCTGTCGTTGCTGCTA  Raphanus raphanistrum subsp. raphanistrum (NY)
EW713825       <-- CAAGTTATCTACAAAATCAAACCTTGCTTCCGCTGCTGTCGTTGCTGCTA  Raphanus sativus var. oleiformis
EW718497       --> CAAGTTATCTACAAAATCAAACCTTGCTTCCGCTGCTGTCGTTGCTGCTA  Raphanus sativus var. oleiformis
EW718759       --> CAAGTTATCTACAAAATCAAACCTTGCTTCCGCTGCTGTCGTTGCTGCTA  Raphanus sativus var. oleiformis
EV544215       --> CAAGTTATCTCCAAAATCAAACCTTGCTTCCGCTGCTGTCGTTGCTGCTA  Raphanus raphanistrum subsp. raphanistrum (NY)
EV546915       --> CAAGTTATCTCCAAAATCAAACCTTGCTTCCGCTGCTGTCGTTGCTGCTA  Raphanus raphanistrum subsp. raphanistrum (NY)

               201    -    251
UN08731        --> CCACCTAGAGTCCTCCCAACACCCTGGAATGAAACCTTACACTTCTCTCG
                   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
EW713917       <-- CCACCTAGAGTCCTCCCAACACCCTGGAATGAAACCTTACACTTCTCTCG
EV548568       <-- CCACCTAGAGTCCTCCCAACACCCTGGAATGAAACCTTACACTTCTCTCG
EV551895       <-- CCACCTAGAGTCCTCCCAACACCCTGGAATGAAACCTTACACTTCTCTCG
EW713825       <-- CCACCTAGAGTCCTCCCAACACCCTGGAATGAAACCTTACACTTCTCTCG
EW718497       --> CCACCTAGAGTCCTCCCAACACCCTGGAATGAAACCTTACACTTCTCTCG
EW718759       --> CCACCTAGAGTCCTCCCAACACCCTGGAATGAAACCTTACACTTCTCTCG
EV544215       --> CCACCTAGAGTCCTCCCAACACCCTGGAATGAAACCTTACACTTCTCTCG
EV546915       --> CCACCTAGAGTCCTCCCAACACCCTGGAATGAAACCTTACACTTCTCTCG

               251    -    301
UN08731        --> TTCCTACCATGAGCAAAAGAAAGATAGTTAACTTGAATCACAGCAGCTAA
                   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
EW713917       <-- TTCCTACCATGAGCAAAAGAAAGATAGTTAACTTGAATCACAGCAGCTAA
EV548568       <-- TTCCTACCATGAGCAAAAGAAAGATAGTTAACTTGAATCACAGCAGCTAA
EV551895       <-- TTCCTACCATGAGCAAAAGAAAGATAGTTAACTTGAATCACAGCAGCTAA
EW713825       <-- TTCCTACCATGAGCAAAAGAAAGATAGTTAACTTGAATCACAGCAGCTAA
EW718497       --> TTCCTACCATGAGCAAAAGAAAGATAGTTAACTTGAATCACAGCAGCTAA
EW718759       --> TTCCTACCATGAGCAAAAGAAAGATAGTTAACTTGAATCACAGCAGCTAA
EV544215       --> TTCCTACCATGAGCAAAAGAAAGATAGTTAACTTGAATCACAGCAGCTAA
EV546915       --> TTCCTACCATGAGCAAAAGAAAGATAGTTAACTTGAATCACAGCAGCTAA

               301    -    351
UN08731        --> GCAGTTCCACATGTTACACTGTCATTAACAATTCTTGGAGAACCATATAT
                   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
EW713917       <-- GCAGTTCCACATGTTACACTGTCATTAACAATTCTTGGAGAACCATATAT  Raphanus sativus var. oleiformis
EV548568       <-- GCAATTCCACATGTTACACTGTCATTAACAATTCTTGGAGAACCATATAT  Raphanus raphanistrum subsp. raphanistrum (NY)
EV551895       <-- GCAATTCCACATGTTACACTGTCATTAACAATTCTTGGAGAACCATATAT  Raphanus raphanistrum subsp. raphanistrum (NY)
EW713825       <-- GCAGTTCCACATGTTACACTGTCATTAACAATTCTTGGAGAACCATATAT  Raphanus sativus var. oleiformis
EW718497       --> GCAGTTCCACATGTTACACTGTCATTAACAATTCTTGGAGAACCATATAT  Raphanus sativus var. oleiformis
EW718759       --> GCAGTTCCACATGTTACACTGTCATTAACAATTCTTGGAGAACCATATAT  Raphanus sativus var. oleiformis
EV544215       --> GCAATTCCACATGTTACACTGTCATTAACAATTCTTGGAGAACCATATAT  Raphanus raphanistrum subsp. raphanistrum (NY)
EV546915       --> GCAATTCCACATGTTACACTGTCATTAACAATTCTTGGAGAACCATATAT  Raphanus raphanistrum subsp. raphanistrum (NY)

               351    -    401
UN08731        --> GCTTTCGAGAACAACGTTTCTGCCTTTAGGAGCTAAAGTAACTCCAACAA
                   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
EW713917       <-- GCTTTCGAGAACAACGTTTCTGCCTGTAGGAGCTAAAGTAACTCCAACAA  Raphanus sativus var. oleiformis
EV548568       <-- GCTTTCAAGAACAACGTTTCTGCCTTTAGGAGCTAAAGTAACTCCAACAA  Raphanus raphanistrum subsp. raphanistrum (NY)
EV551895       <-- GCTTTCAAGAACAACGTTTCTGCCTTTAGGAGCTAAAGTAACTCCAACAA  Raphanus raphanistrum subsp. raphanistrum (NY)
EW713825       <-- GCTTTCGAGAACAACGTTTCTGCCTGTAGGAGCTAAAGTAACTCCAACAA  Raphanus sativus var. oleiformis
EW718497       --> GCTTTCGAGAACAACGTTTCTGCCTGTAGGAGCTAAAGTAACTCCAACAA  Raphanus sativus var. oleiformis
EW718759       --> GCTTTCGAGAACAACGTTTCTGCCTGTAGGAGCTAAAGTAACTCCAACAA  Raphanus sativus var. oleiformis
EV544215       --> GCTTTCAAGAACAACGTTTCTGCCTTTAGGAGCTAAAGTAACTCCAACAA  Raphanus raphanistrum subsp. raphanistrum (NY)
EV546915       --> GCTTTCAAGAACAACGTTTCTGCCTTTAGGAGCTAAAGTAACTCCAACAA  Raphanus raphanistrum subsp. raphanistrum (NY)

               401    -    451
UN08731        --> GATCCGCAAGTTTGTTGTCACCAGCTTGAAGCTTCTTAATAGCTGTCCCG
                   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
EW713917       <-- GATCCGCAAGTTTGTTGACACCAGCTTGAAGCTTCTTAATAGCTGTCCCG  Raphanus sativus var. oleiformis
EV548568       <-- GATCCGCAAGTTTGTTGTCACCAGCTTGAAGCTTCTTAATAGCAGTCCCG  Raphanus raphanistrum subsp. raphanistrum (NY)
EV551895       <-- GATCCGCAAGTTTGTTGTCACCAGCTTGAAGCTTCTTAATAGCAGTCCCG  Raphanus raphanistrum subsp. raphanistrum (NY)
EW713825       <-- GATCCGCAAGTTTGTTGACACCAGCTTGAAGCTTCTTAATAGCTGTCCCG  Raphanus sativus var. oleiformis
EW718497       --> GATCCGCAAGTTTGTTGACACCAGCTTGAAGCTTCTTAATAGCTGTCCCG  Raphanus sativus var. oleiformis
EW718759       --> GATCCGCAAGTTTGTTGACACCAGCTTGAAGCTTCTTAATAGCTGTCCCG  Raphanus sativus var. oleiformis
EV544215       --> GATCCGCAAGTTTGTTGTCACCAGCTTGAAGCTTCTTAATAGCAGTCCCG  Raphanus raphanistrum subsp. raphanistrum (NY)
EV546915       --> GATCCGCAAGTTTGTTGTCACCAGCTTGAAGCTTCTTAATAGCAGTCCCG  Raphanus raphanistrum subsp. raphanistrum (NY)

               451    -    501
UN08731        --> TCTTTATTGAAATGCAACTGCTTTGCCGCTGCGTAGATTTTGGGAAACCT
                   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
EW713917       <-- TCTTTATTGAAATGCAACTGCTTTGCCGCTGCGTAGATTTTGGGAAACCT  Raphanus sativus var. oleiformis
EV548568       <-- TCTTTATTGAAATGCAACTGCTTCGCCGCGGCGTAGATTTTGGGAAACCT  Raphanus raphanistrum subsp. raphanistrum (NY)
EV551895       <-- TCTTTATTGAAATGCAACTGCTTCGCCGCGGCGTAGATTTTGGGAAACCT  Raphanus raphanistrum subsp. raphanistrum (NY)
EW713825       <-- TCTTTATTGAAATGCAACTGCTTTGCCGCTGCGTAGATTTTGGGAAACCT  Raphanus sativus var. oleiformis
EW718497       --> TCTTTATTGAAATGCAACTGCTTTGCCGCTGCGTAGATTTTGGGAAACCT  Raphanus sativus var. oleiformis
EW718759       --> TCTTTATTGAAATGCAACTGCTTTGCCGCTGCGTAGATTTTGGGAAACCT  Raphanus sativus var. oleiformis
EV544215       --> TCTTTATTGAAATGCAACTGCTTCGCCGCGGCGTAAATTTTGGGAAACCT  Raphanus raphanistrum subsp. raphanistrum (NY)
EV546915       --> TCTTTATTGAAATGCAACTGCTTCGCCGCGGCGTAAATTTTGGGAAACCT  Raphanus raphanistrum subsp. raphanistrum (NY)

               501    -    551
UN08731        --> CGCTTTCCTTCGCAAATTCATCGGCCATGGCTGCGATTCGAAGCTTCCGG
                   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
EW713917       <-- CGCTTTCCTTCGCAAATTCATCGGCCATGGCTGCGATTCGAAGCTTCCGG
EV548568       <-- CGCTTTCCTTCGCAAATTCATCGGCCATGGCTGCGATTCGAAGCTTCCGG
EV551895       <-- CGCTTTCCTTCGCAAATTCATCGGCCATGGCTGCGATTCGAAGCTTCCGG
EW713825       <-- CGCTTTCCTTCGCAAATTCATCGGCCATGGCTGCGATTCGAAGCTTCCGG
EW718497       --> CGCTTTCCTTCGCAAATTCATCGGCCATGGCTGCGATTCGAAGCTTCCGG
EW718759       --> CGCTTTCCTTCGCAAATTCATCGGCCATGGCTGCGATTCGAAGCTTCCGG
EV544215       --> CGCTTTCCTTCGCAAATTCATCGGCCATGGCTGCGATTCGAAGCTTCCGG
EV546915       --> CGCTTTCCTTCGCAAATTCATCGGCCATGGCTGCGATTCGAAGCTTCCGG

               551    -    601
UN08731        --> AGATCACTACAACCGGAGACAGTTGGAAGATTCTCTCTAAGCAATTCCGA
                   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
EW713917       <-- AGATCACTACAACCGGAGACAGTTGGAAAATTCTCTCTAAGCAATTCCGA  Raphanus sativus var. oleiformis
EV548568       <-- AGATCACTACAACCGGAGACAGTTGGAAGATTCTCTCTAAGCAACTCCGA  Raphanus raphanistrum subsp. raphanistrum (NY)
EV551895       <-- AGATCACTACAACCGGAGACAGTTGGAAGATTCTCTCTAAGCAACTCCGA  Raphanus raphanistrum subsp. raphanistrum (NY)
EW713825       <-- AGATCACTACAACCGGAGACAGTTGGAAAATTCTCTCTAAGCAATTCCGA  Raphanus sativus var. oleiformis
EW718497       --> AGATCACTACAACCGGAGACAGTTGGAAAATTCTCTCTAAGCAATTCCGA  Raphanus sativus var. oleiformis
EW718759       --> AGATCACTACAACCGGAGACAGTTGGAAAATTCTCTCTAAGCAATTCCGA  Raphanus sativus var. oleiformis
EV544215       --> AGATCACTACAACCGGAGACAGTTGGAAGATTCTCTCTAAGCAACTCCGA  Raphanus raphanistrum subsp. raphanistrum (NY)
EV546915       --> AGATCACTACAACCGGAGACAGTTGGAAGATTCTCTCTAAGCAACTCCGA  Raphanus raphanistrum subsp. raphanistrum (NY)

               601    -    651
UN08731        --> TGAGAGAAACCGGAGCTCCGTGAGGCCATCGACGCACAAGAACGCGGAAG
                   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
EW713917       <-- TGAGAGAAACCGGAGCTCCGTGAGGCCATCGACGCACAAGAACGCGGAAG  Raphanus sativus var. oleiformis
EV548568       <-- TCAGAGAAACCGGAGCTCCGTGAGGCCATCGACGCGCAAGAACGCGGAAG  Raphanus raphanistrum subsp. raphanistrum (NY)
EV551895       <-- TCAGAGAAACCGGAGCTCCGTGAGGCCATCGACGCGCAAGAACGCGGAAG  Raphanus raphanistrum subsp. raphanistrum (NY)
EW713825       <-- TGAGAGAAACCGGAGCTCCGTGAGGCCATCGACGCACAAGAACGCGGAAG  Raphanus sativus var. oleiformis
EW718497       --> TGAGAGAAACCGGAGCTCCGTGAGGCCATCGACGCACAAGAACGCGGAAG  Raphanus sativus var. oleiformis
EW718759       --> TGAGAGAAACCGGAGCTCCGTGAGGCCATCGACGCACAAGAACGCGGAAG  Raphanus sativus var. oleiformis
EV544215       --> ..................................................  Raphanus raphanistrum subsp. raphanistrum (NY)
EV546915       --> TCAGAGAAACCGGAGCTCCGTGAGGCCATCGACGCGCAAGAACGCGGAAG  Raphanus raphanistrum subsp. raphanistrum (NY)

               651    -    701
UN08731        --> AGGAGGAGGAAGAAGCGGAGAGAGAAACAGGAGAGGTTGGTGTTAAACTC
                   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
EW713917       <-- AGGAGGAGGAAGAAGCGGAGAGAGAAACAGGAGAGGTTGGTGTTAAACTC
EV548568       <-- AGc...............................................
EV551895       <-- AGc...............................................
EW713825       <-- AGGAGGAGGAAGAAGCGGAGAGAGAAACAG-AGAGGTTGGTGTTAAACTC
EW718497       --> AGGAGGAGGAAGAAGCGGAGAGAGAAACAGGAGAGGTTGGTGTTAAACTC
EW718759       --> AGGAGGAGGAAGAAGCGGAGAGAGAAACAGGAGAGGTTGGTGTTAAACTC
EV544215       --> ..................................................
EV546915       --> AGc...............................................

               701    -    751
UN08731        --> ATCGGTTCCACGCGCCAATCAAAAATCCCCC
                   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
EW713917       <-- ATCGGTTCCACGCGCCAATCAAAAATCCCCC
EV548568       <-- ...............................
EV551895       <-- ...............................
EW713825       <-- ATCGGTTCCACGCGCCAAT............
EW718497       --> ATCGGTTCCACGCGCCAATC...........
EW718759       --> ATCGGTTCCACGCGCCAATC...........
EV544215       --> ...............................
EV546915       --> ...............................