1      -     51
UN09801        --> GGACACAACATCACAAGCTTGATAAAAAAAAATAACTTTCTAAGAGAAAA
                   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
EV546204       <-- GGACACAACATCACAAGCTTGATAAAAAAAA-TAACTTTCTAAGAGAAAA  Raphanus raphanistrum subsp. raphanistrum (NY)
EY927434       <-- GGACACAACATCACAAGCTTGATAAAGAAAAATAACTTTCTAAGAGAAAA  Raphanus sativus var. oleiformis
FD975403       <-- .GACACAACATCACAAGCTTGATAAAAAAAAATAACTTTCTAAGAGAAAA  Raphanus raphanistrum subsp. raphanistrum (NY)
EV551025       --> GGACACAACATCACAAGCTTGATAAAAAAAA-TAACTTTCTAAGAGAAAA  Raphanus raphanistrum subsp. raphanistrum (NY)
EX762229       --> GGACACAACATCACAAGCTTGATAAAAAAAAATAACTTTCTAAGAGAAAA  Raphanus raphanistrum subsp. raphanistrum (NY)
EY931483       --> GGACACAACATCACAAGCTTGATAAAGAAAAATAACTTTCTAAGAGAAAA  Raphanus sativus var. oleiformis
FD561662       --> GGACACAACATCACAAGCTTGATAAAGAAAAATAACTTTCTAAGAGAAAA  Raphanus sativus var. oleiformis
FD979351       --> .GACACAACATCACAAGCTTGATAAAAAAAAATAACTTTCTAAGAGAAAA  Raphanus raphanistrum subsp. raphanistrum (NY)

               51     -    101
UN09801        --> ATCTTAAAACTTCACTCTTTCAACAATGGCTTACTCTAAGATTGTTCTTC
                   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
EV546204       <-- ATCTTAAAACTTCACTCTTTCAACAATGGCTTACTCTAAGATTGTTCTTC  Raphanus raphanistrum subsp. raphanistrum (NY)
EY927434       <-- ATCTTAAAACTTCGCTCTTTCAACAATGGCTTACTCTAAGATTGCTTTTC  Raphanus sativus var. oleiformis
FD975403       <-- ATCTTAAAACTTCACTCTTTCAACAATGGCTTACTCTAAGATTGTTTTTC  Raphanus raphanistrum subsp. raphanistrum (NY)
EV551025       --> ATCTTAAAACTTCACTCTTTCAACAATGGCTTACTCTAAGATTGTTCTTC  Raphanus raphanistrum subsp. raphanistrum (NY)
EX762229       --> ATCTTAAAACTTCACTCTTTCAACAATGGCTTACTCTAAGATTGTTCTTC  Raphanus raphanistrum subsp. raphanistrum (NY)
EY931483       --> ATCTTAAAACTTCGCTCTTTCAACAATGGCTTACTCTAAGATTGCTCTTC  Raphanus sativus var. oleiformis
FD561662       --> ATCTTAAAACTTCACTCTTTCAACAATGGCTTACTCTAAGATTGCTCTTC  Raphanus sativus var. oleiformis
FD979351       --> ATCTTAAAACTTCACTCTTTCAACAATGGCTTACTCTAAGATTGTTCTTC  Raphanus raphanistrum subsp. raphanistrum (NY)

               101    -    151
UN09801        --> TCCTTGTTTTGAATGTCATCTTCTTCACTTTGGTCAGTTCTACGGCCCCT
                   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
EV546204       <-- TCCTTGTTTTGAATGTCATCTTCTTCACTTTGGTCAGTTCTACGGCCCCT
EY927434       <-- TCCTTGTTTTGAATGTCATTTTCTTCACTTTGGTCAGTTTTACGGCCCCT
FD975403       <-- TCCTTGTTTTGAATGTCATTTTTTTCACTTTGGTCAGTTTTACGGCCCCT
EV551025       --> TCCTTGTTTTGAATGTCATCTTCTTCACTTTGGTCAGTTCTACGGCCCCT
EX762229       --> TCCTTGTTTTGAATGTCATCTTCTTCACTTTGGTCAGTTCTACGGCCCCT
EY931483       --> TCCTTGTTTTGAATGTCATCTTCTTCACTTTGGTCAGTTCTACGGCCCCT
FD561662       --> TCCTTGTTTTGAATGTCATCTTCTTCACTTTGGTCAGTTCTACGGCCCCT
FD979351       --> TCCTTGTTTTGAATGTCATCTTCTTCACTTTGGTCAGTTCTACGGCCCCT

               151    -    201
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                   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
EV546204       <-- TGTTCACTACCACCGCCCAAAAGCCACAACAAGAAACCCGCACCGTCGTC
EY927434       <-- TGTTCACCACCACCGCCCAAAAGCCACAACAAGAAACCCGCACCGTCGTC
FD975403       <-- TGTTCACCACCACCGCCCAAAAGCCACAACAAGAAACCTGCACCGTCGTC
EV551025       --> TGTTCACTACCACCGCCCAAAAGCCACAACAAGAAACCCGCACCGTCGTC
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EY931483       --> TGTTCACCACCACCGCCCAAAAGCCACAACAAGAAACCCGCACCGTCGTC
FD561662       --> TGTTCACCACCACCGCCCAAAAGCCACAACAAGAAACCCGCACCGTCGTC
FD979351       --> TGTTCACCACCACCGCCCAAAAGCCACAACAAGAAACCTGCACCGTCGTC

               201    -    251
UN09801        --> TCCTTACACCAAACCCAGTTGTAAAGATGTTCTTAAACTCAAGGTATGTG
                   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
EV546204       <-- TCCTTACACCAAACCCAGTTGTAAAGATGTTCTTAAACTCAAGGTATGTG  Raphanus raphanistrum subsp. raphanistrum (NY)
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FD975403       <-- TCCTTACACCAAACCCAGTTGTAAAGATGTTTTTAAACTCAAGGTATGTG  Raphanus raphanistrum subsp. raphanistrum (NY)
EV551025       --> TCCTTACACCAAACCCAGTTGTAAAGATGTTCTTAAACTCAAGGTATGTG  Raphanus raphanistrum subsp. raphanistrum (NY)
EX762229       --> TCCTTACACCAAACCCAGTTGTAAAGATGTTCTTAAACTCAAGGTATGTG  Raphanus raphanistrum subsp. raphanistrum (NY)
EY931483       --> TCCTTACACCAAACCCAGTTGCAAAGATGCTCTTAAACTCAAGGTATGTG  Raphanus sativus var. oleiformis
FD561662       --> TCCTTACACCAAACCCAGTTGCAAAGATGCTCTTAAACTCAAGGTATGTG  Raphanus sativus var. oleiformis
FD979351       --> TCCTTACACCAAACCCAGTTGTAAAGATGTTCTTAAACTCAAGGTATGTG  Raphanus raphanistrum subsp. raphanistrum (NY)

               251    -    301
UN09801        --> CCAACGTGTTGAATTTGGTTAAGGTTTCTTTACCAGAAAAGGCCGAATGT
                   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
EV546204       <-- CCAACGTGTTGAATTTGGTTAAGGTTTCTTTACCAGAAAAGGCCGAATGT
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FD975403       <-- CCAACGTGTTGAATTTGGTTAAGGTTTCTTT-CCAGAAAAGGCCGAATGT
EV551025       --> CCAACGTGTTGAATTTGGTTAAGGTTTCTTTACCAGAAAAGGCCGAATGT
EX762229       --> CCAACGTGTTGAATTTGGTTAAGGTTTCTTTACCAGAAAAGGCCGAATGT
EY931483       --> CCAACGTGTTGAATTTGGTTAAGGTTTCTCTACCAGAAAAGGCCGAATGT
FD561662       --> CCAACGTGTTGAATTTGGTTAAGGTTTCTCTACCAGAAAAGGCCGAATGT
FD979351       --> CCAACGTGTTGAATTTGGTTAAGGTTTCTTT-CCAGAAAAGGCCGAATGT

               301    -    351
UN09801        --> TGCACCCTTATCAAAGGTCTAGTTAATCTTGATGCCGGAGTCTGTCTCTG
                   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
EV546204       <-- TGCACCCTTATCAAAGGTCTAGTTAATCTTGATGCCGGAGTCTGTCTTTG  Raphanus raphanistrum subsp. raphanistrum (NY)
EY927434       <-- TGCGCCCTTATCAAAGGTCTAGTTAATCTTGATGCCGGAGTGTGTCTTTG  Raphanus sativus var. oleiformis
FD975403       <-- TGCACCCTTATCAAAGGTCTAGTTAATCTTGATGCCGGAGTCTGTTTTTG  Raphanus raphanistrum subsp. raphanistrum (NY)
EV551025       --> TGCACCCTTATCAAAGGTCTAGTTAATCTTGATGCCGGAGTCTGTCTCTG  Raphanus raphanistrum subsp. raphanistrum (NY)
EX762229       --> TGCACCCTTATCAAAGGTCTAGTTAATCTTGATGCCGGAGTCTGTCTCTG  Raphanus raphanistrum subsp. raphanistrum (NY)
EY931483       --> TGCGCCCTTATCAAAGGTCTAGTTAATCTTGATGCCGGAGTGTGTCTCTG  Raphanus sativus var. oleiformis
FD561662       --> TGCGCCCTTATCAAAGGTCTAGTTAATCTTGATGCCGGAGTGTGTCTCTG  Raphanus sativus var. oleiformis
FD979351       --> TGCACCCTTATCAAAGGTCTAGTTAATCTTGATGCCGGAGTCTGTCTCTG  Raphanus raphanistrum subsp. raphanistrum (NY)

               351    -    401
UN09801        --> CACCGCTTTGAAGGCTAATGTCCTTGGCATTAATCTTCGTGTTCCTATTT
                   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
EV546204       <-- CACCGCTTTGAAGGCTAATGTCCTTGGCATTAATCTTCGTGTTCCTATTT
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EV551025       --> CACCGCTTTGAAGGCTAATGTCCTTGGCATTAATCTTCGTGTTCCTATTT
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               401    -    451
UN09801        --> CACTGAGTGTTCTCCTTAACCAGTGTGGTACGAAGGTTCCATCTGGTTTC
                   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
EV546204       <-- CACTGAGTGTTCTCCTTAACCAGTGTGGTACGAAGGTTCCATCTGGTTTC  Raphanus raphanistrum subsp. raphanistrum (NY)
EY927434       <-- CACTGAGTGTTCTCCTTAATCAGTGTGGTACGAAGGTTCCATCTGGTTTC  Raphanus sativus var. oleiformis
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EX762229       --> CACTGAGTGTTCTCCTTAACCAGTGTGGTACGAAGGTTCCATCTGGTTTC  Raphanus raphanistrum subsp. raphanistrum (NY)
EY931483       --> CACTGAGTGTTCTCCTTAATCAGTGTGGTACGAAGGTTCCATCTGGTTTC  Raphanus sativus var. oleiformis
FD561662       --> CACTGAGTGTTCTCCTTAATCAGTGTGGTACGAAGGTTCCATCTGGTTTC  Raphanus sativus var. oleiformis
FD979351       --> CACTGAGTGTTCTCCTTAACCAGTGTGGTACGAAGGTTCCATCTGGTTTC  Raphanus raphanistrum subsp. raphanistrum (NY)

               451    -    501
UN09801        --> CAATGTGCTTAGAGATAGCACGTTATTAAATCAATGTTCTAAATTATCAC
                   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
EV546204       <-- CAATGTGCTTAGAGATAGCACGTTATTAAATCAATGTTCTAAATTATCAC  Raphanus raphanistrum subsp. raphanistrum (NY)
EY927434       <-- CAATGTGCTTAGAGATAGCACGTTATTAAATCGATGTTTTAAATTATCAC  Raphanus sativus var. oleiformis
FD975403       <-- CAATGTGCTTAGAGATAGCACGTTATTAAATCAATGTTTTAAATTATCAC  Raphanus raphanistrum subsp. raphanistrum (NY)
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FD561662       --> CAATGTGCTTAGAGATAGCACGTTATTAAATCGATGTTCTAAATTATCAC  Raphanus sativus var. oleiformis
FD979351       --> CAATGTGCTTAGAGATAGCACGTTATTAAATCAATGTTCTAAATTATCAC  Raphanus raphanistrum subsp. raphanistrum (NY)

               501    -    551
UN09801        --> TAAAATACGACTGTTGTTTCAAAATTTCGTGTAATTTCAATTTTTTTTGT
                   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
EV546204       <-- TAAAATACGACTGTTGTTTCAAAATTTCGTGTAATTTCAATTTTTTTTGT  Raphanus raphanistrum subsp. raphanistrum (NY)
EY927434       <-- TAAAATACGATTGTTGTTTCAAAATTTCGTGTAATTTCAATTTTTTTTGT  Raphanus sativus var. oleiformis
FD975403       <-- TAAAATACGACTGTTGTTTCAAAATTTCGTGTAATTTCAATTTTTTTTGT  Raphanus raphanistrum subsp. raphanistrum (NY)
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               551    -    601
UN09801        --> TTGATTCTACTATTATCTGTTGTTTGTAATCCGTTACATGTTTTATTGAT
                   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
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FD979351       --> TTGATTCTACTATTATCTGTTGTTTGTAATCCGTTACATGTTTTATTGAT

               601    -    651
UN09801        --> GAAATAATTAAGGTGTTTTCGTTTAAG.........
                   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
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FD975403       <-- GAAATAATTAAGGTGTTTTCGTTTAgg.........
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