1      -     51
UN10474        --> GGATCTCCCAAACTAACAAAACATTTATTTGAAAAGAAGAAATACAATGT
                   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
EV541358       <-- GGATCTCCCAAACTAACAAAACATTTATTTGCAAAGAAGAAATACAATGT
FD985682       <-- ............ggAACAAAACATTTATTTGAAAAGAAGAAATACAATGT
EY908682       --> .......ggtAACTAACAAAACATTTATTTGCAAAGAAGAAATACAATGT
FD989964       --> ............ggAACAAAACATTTATTTGAAAAGAAGAAATACAATGT
FD559093       --> .....................CATTTATTTGAAAAGAAGAAACACAATGT
EV537037       --> ..................................................

               51     -    101
UN10474        --> CAACATCCAGATTTACTTTATTTTGTATTGTCCTGGTTTTACTTGGTAGT
                   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
EV541358       <-- CAACATCCAGATTTACTTTATTTTGTATTGTCCTGGTTTTACTTGGTAGT
FD985682       <-- CAACATCCAGATTTACTTTATTTTGTATTGTCCTGGTTTTACTTGGTAGT
EY908682       --> CAACATCCAGATTTACTTTATTTTGTATTGTCCTGGTTTTACTTGGTAAT
FD989964       --> CAACATCCAGATTTACTTTATTTTGTATTGTCCTGGTTTTACTTGGTAGT
FD559093       --> CAACATCCAGATTTACTTTATTTTGTATTGTCCTGGTTTTACTTGGTAGT
EV537037       --> ..................................................

               101    -    151
UN10474        --> TTTCACGAAGATGTTAATTTAAAAGTTGATGCGCGGGGACCATATTGCTA
                   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
EV541358       <-- TTTCACGAAGATGTTAATTTAAAAGTTGATGCGCGGGGACCATATTGCTA
FD985682       <-- TTTCACGAAGATGTTAATTTAAAAGTTGATGCGCGGGGACCATATTGCTA
EY908682       --> TTTCACGAAGATGTTAATTTAAAAGTTGATGCGCGGGGACCATATTGCTA
FD989964       --> TTTCACGAAGATGTTAATTTAAAAGTTGATGCGCGGGGACCATATTGCTA
FD559093       --> TTTCACGAAGATGTTAATTTAAAAGTTGATGCGCGGGGACCATATTGCTA
EV537037       --> ..................................................

               151    -    201
UN10474        --> TAGAGAAACTGATACTAGATGGTGTTGTACTGCACAACCAAAACAGTGCC
                   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
EV541358       <-- TAGAGAAACTGATGTTAGATGGTGTTGTACTGCACAACCAAAACAGTGCC
FD985682       <-- TAGAGAAACTGATACTAGATGGTGTTGTACTGCACAACCAAAACAGTGCC
EY908682       --> TAGAGAAACTGATACTAGATGGTGTTGTACTGCACAACCAAAACAGTGCC
FD989964       --> TAGAGAAACTGATACTAGATGGTGTTGTACTGCACAACCAAAACAGTGCC
FD559093       --> TAGAGAAACTGATACTAGATGGTGTTGTACTGCACAACCAAAACAGTGCC
EV537037       --> ..................................................

               201    -    251
UN10474        --> GAAAGATCAAAGTGGATTGTGATGCGATTTGTAAACTCAAACGCCGTCTT
                   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
EV541358       <-- GAAAGATCAAAGTGGATTGTGATGCGATTTGTAAACCCAAACGCCGTCTT
FD985682       <-- GAAAGATCAAAGTGGATTGTGATGCGATTTGTAAACTCAAACGCCGTCTT
EY908682       --> GAAAGATCAAAGTGGATTGTGATGCGATTTGTAAACCCAAACGCCGTCTT
FD989964       --> GAAAGATCAAAGTGGATTGTGATGCGATTTGTAAACTCAAACGCCGTCTT
FD559093       --> GAAAGATCAAAGTGGATTGTGATGCGATTTGTAAACTCAAACGCCGTCTT
EV537037       --> ..................................................

               251    -    301
UN10474        --> TAATTTTCCAGAAGAAATGTTCTATAATTATATATTTCAAATAATTCCGT
                   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
EV541358       <-- TAATTTTC-AGAAGAAATGTTCTATAATTATATATTTCAAATAATTCCGT  Raphanus raphanistrum subsp. raphanistrum (MS)
FD985682       <-- TAATTTTCCAGAAGAAATGTTCTATAATTATATATTTCAAATAATTCCGA  Raphanus raphanistrum subsp. landra
EY908682       --> TAATTTTCCAGAAGAAATGTTCTATAATTATATATTTCAAATAATTCCGT  Raphanus raphanistrum subsp. raphanistrum (MS)
FD989964       --> TAATTTTCCAGAAGAAATGTTCTATAATTATATATTTCAAATAATTCCGA  Raphanus raphanistrum subsp. landra
FD559093       --> TAATTTTCCAGAAGAAATGTTCTATAATTATATATTTCAAATAATTCCGA  Raphanus raphanistrum subsp. landra
EV537037       --> ...............AATGTTCTATAATTATATATTTCAAATAATTCCGT  Raphanus raphanistrum subsp. raphanistrum (MS)

               301    -    351
UN10474        --> ACTTCTATTATTCTAATTAAGTAATAAATAGCAAATCTTGCTATACAGGA
                   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
EV541358       <-- ACTTCTATTATTCTAAGTAAGTAATAAATAGCAAATCCTGCTATACAGGA  Raphanus raphanistrum subsp. raphanistrum (MS)
FD985682       <-- ACTTCTATTATTCTAATTAAGTAATAAATAGCAAATCTTGCTATACAGGA  Raphanus raphanistrum subsp. landra
EY908682       --> ACTTCTATTATTCTAATTAAGTAATAAATAGCAAATCCTGCTATACAGGA  Raphanus raphanistrum subsp. raphanistrum (MS)
FD989964       --> ACTTCTATTATTCTAATTAAGTAATAAATAGCAAATCTTGCTATACAGGA  Raphanus raphanistrum subsp. landra
FD559093       --> ACTTCTATTATTCTAATTAAGTAATAAATAGCAAATCTTGCTATACAGGA  Raphanus raphanistrum subsp. landra
EV537037       --> ACTTCTATTATTCTAAGTAAGTAATAAATAGCAAATCCTGCTATACAGGA  Raphanus raphanistrum subsp. raphanistrum (MS)

               351    -    401
UN10474        --> ACAACTAGTGTTGTCTGCTAAAAGACTTATATATTTCTTCGAATTGTTCA
                   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
EV541358       <-- ACAACTAGTGTTGTCTGCTAAAAGACTTATATATTTCTTCGAATTGTTCA  Raphanus raphanistrum subsp. raphanistrum (MS)
FD985682       <-- ACAACTAGTGTTGTCTGCTAAAAAACTTATATATTTCTTCGAATTGTTCA  Raphanus raphanistrum subsp. landra
EY908682       --> ACAACTAGTGTTGTCTGCTAAAAGACTTATATATTTCTTCGAATTGTTCA  Raphanus raphanistrum subsp. raphanistrum (MS)
FD989964       --> ACAACTAGTGTTGTCTGCTAAAAAACTTATATATTTCTTCGAATTGTTCA  Raphanus raphanistrum subsp. landra
FD559093       --> ACAACTAGTGTTGTCTGCTAAAAAACTTATATATTTCTTCGAATTGTTCA  Raphanus raphanistrum subsp. landra
EV537037       --> ACAACTAGTGTTGTCTGCTAAAAGACTTATATATTTCTTCGAATTGTTCA  Raphanus raphanistrum subsp. raphanistrum (MS)

               401    -    451
UN10474        --> ATTTTTTTT-CTTTGGTTTATGTCTTACTTTCTGCAAGTGTATTTAATAA
                   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
EV541358       <-- ATTTTTTTT-CTTTGGTTTATGTCTTACTTTCTGCA..............
FD985682       <-- Agt...............................................
EY908682       --> ATTTTTTTTTCTTTGGTTTATGTCTTACTTTCTGCAAGTGTATTTAATAA
FD989964       --> Agt...............................................
FD559093       --> ATTTTTTTT-CTTTGGTTTATGTCTTACTTTCTGCAAGTGTATTTAATAA
EV537037       --> ATTTTTTTT-CTTTGGTTTATGTCTTACTTTCTGCAAGTGTATTTAATAA

               451    -    501
UN10474        --> ATCTATATATGTTTTAGTTTCAAAAGAATAAAATCATAATTAAGTGTTTA
                   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
EV541358       <-- ..................................................
FD985682       <-- ..................................................
EY908682       --> ATCTATATATGTTTTAGTTac.............................
FD989964       --> ..................................................
FD559093       --> ATCTATATATGTTTTAGTTTCAAAAGAATAAAATCATAATTAAGTGTTTA
EV537037       --> ATCTATATATGTTTTAGTT...............................

               501    -    551
UN10474        --> TTAAATG
                   ~~~~~~~
EV541358       <-- .......
FD985682       <-- .......
EY908682       --> .......
FD989964       --> .......
FD559093       --> TTAAATG
EV537037       --> .......