1      -     51
UN13991        --> GGGAAAGCCCAAAACCC-TTTCTTCCGTCTTCTCTCACCTGCATCGCTTT
                   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
EW720157       <-- GGGAAAGCCCAAAACCCCTTTCTTCCGTCTTCTCTCACCTGCATCGCTTT
EX890961       <-- GGGAAAGCCCAAAACCC-TTTCTTCCGTCTTCTCTCACCTGCATCGCTTT
FD976347       <-- ..........................................gggGCTTT
EW716222       --> GGGAAAGCCCAAAACCC-TTTCTTCCGTCTTCTCTCACCTGCATCGCTTT
EX886615       --> GGGAAAGCCCAAAACCC-TTTCTTCCGTCTTCTCTCACCTGCATCGCTTT
FD981542       --> ......................................ggGCATCGCTTT
FD980469       --> ..........................................gggGCTTT

               51     -    101
UN13991        --> CTTCTGCATTTTCCCTTTAAGCGATTCTCGCCGGAGAGCTCCCGTCGACC
                   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
EW720157       <-- CTTCTGCATTTTCCCTTTAAGCGATTCTCGCCGGAGAGCTCCCGTCGACC  Raphanus sativus var. oleiformis
EX890961       <-- CTTCTGCATTTTCCCTTTAAGCGATTCTCGCCGGAGAGCTCCCGTCGACC  Raphanus sativus var. oleiformis
FD976347       <-- CTTCTGCATTTTCCCTTTAACCGATTCTCGCCGGAGAGCTCCCGTCGACC  Raphanus raphanistrum subsp. raphanistrum (NY)
EW716222       --> CTTCTGCATTTTCCCTTTAAGCGATTCTCGCCGGAGAGCTCCCGTCGACC  Raphanus sativus var. oleiformis
EX886615       --> CTTCTGCATTTTCCCTTTAAGCGATTCTCGCCGGAGAGCTCCCGTCGACC  Raphanus sativus var. oleiformis
FD981542       --> CTTCTGCATTTTCCCTTTAACCGATTCTCGCCGGAGAGCTCCCGTCGACC  Raphanus raphanistrum subsp. raphanistrum (NY)
FD980469       --> CTTCTGCATTTTCCCTTTAACCGATTCTCGCCGGAGAGCTCCCGTCGACC  Raphanus raphanistrum subsp. raphanistrum (NY)

               101    -    151
UN13991        --> TGTGTTTGAGAAGAGGATGTTGAAGTTCCTATCAAAAGTAAAGATTGAGT
                   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
EW720157       <-- TGTGTTTGAGAAGAGGATGTTGAAGTTCCTATCAAAAGTAAAGATTGAGT
EX890961       <-- TGTGTTTGAGAAGAGGATGTTGAAGTTCCTATCAAAAGTAAAGATTGAGT
FD976347       <-- TGTGTTTGAGAAGAGGATGTTGAAGTTCCTATCAAAAGTAAAGATTGAGT
EW716222       --> TGTGTTTGAGAAGAGGATGTTGAAGTTCCTATCAAAAGTAAAGATTGAGT
EX886615       --> TGTGTTTGAGAAGAGGATGTTGAAGTTCCTATCAAAAGTAAAGATTGAGT
FD981542       --> TGTGTTTGAGAAGAGGATGTTGAAGTTCCTATCAAAAGTAAAGATTGAGT
FD980469       --> TGTGTTTGAGAAGAGGATGTTGAAGTTCCTATCAAAAGTAAAGATTGAGT

               151    -    201
UN13991        --> TCAACACATTAGATCC-AGGACTCGCCTCTTGCGTCGAGTTCTTGGCTCA
                   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
EW720157       <-- TCAACACATTAGATCCCAGGACTCGCCTCTTGCGTCGAGTTCTTGGCTCA  Raphanus sativus var. oleiformis
EX890961       <-- TCAACACATTAGATCC-AGGACTCGCCTCTTGCGTCGAGTTCTTGGCTCA  Raphanus sativus var. oleiformis
FD976347       <-- TCAACACATCGGATCC-AAGACTCGCCTCATGCGTCGAGTTCTTGGCTCA  Raphanus raphanistrum subsp. raphanistrum (NY)
EW716222       --> TCAACACATTAGATCC-AGGACTCGCCTCTTGCGTCGAGTTCTTGGCTCA  Raphanus sativus var. oleiformis
EX886615       --> TCAACACATTAGATCC-AGGACTCGCCTCTTGCGTCGAGTTCTTGGCTCA  Raphanus sativus var. oleiformis
FD981542       --> TCAACACATTGGATCC-AAGACTCGCCTCATGCGTCGAGTTCTTGGCTCA  Raphanus raphanistrum subsp. raphanistrum (NY)
FD980469       --> TCAACACATCGGATCC-AAGACTCGCCTCATGCGTCGAGTTCTTGGCTCA  Raphanus raphanistrum subsp. raphanistrum (NY)

               201    -    251
UN13991        --> GTGCAACGCGAGGAAGGCCAAAGAGTCGAACCCTAACTGCCAGGTTCTGG
                   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
EW720157       <-- GTGCAACGCGAGGAAGGCCAAAGAGTCGAACCCTAACTGCCAGGTTCTGG  Raphanus sativus var. oleiformis
EX890961       <-- GTGCAACGCGAGGAAGGCCAAAGAGTCGAACCCTAACTGCCAGGTTCTGG  Raphanus sativus var. oleiformis
FD976347       <-- GTGCAACGCGAGGAAGGCCAAAGAGTCCAACCCTAACAGTCAGGTTCTGG  Raphanus raphanistrum subsp. raphanistrum (NY)
EW716222       --> GTGCAACGCGAGGAAGGCCAAAGAGTCGAACCCTAACTGCCAGGTTCTGG  Raphanus sativus var. oleiformis
EX886615       --> GTGCAACGCGAGGAAGGCCAAAGAGTCGAACCCTAACTGCCAGGTTCTGG  Raphanus sativus var. oleiformis
FD981542       --> GTGCAACGCGAGGAAGGCCAAAGAGTCCAACCCTAACTGTCAGGTTCTGG  Raphanus raphanistrum subsp. raphanistrum (NY)
FD980469       --> GTGCAACGCGAGGAAGGCCAAAGAGTCCAACCCTAACAGTCAGGTTCTGG  Raphanus raphanistrum subsp. raphanistrum (NY)

               251    -    301
UN13991        --> TGAAACGCAGAACAGACGATCAGCCACCGCAGATCAGCGTCACGTTCGTT
                   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
EW720157       <-- TGAAACGCAGAACAGACGATCAGCCACCGCAGATCAGCGTCACGTTCGTT  Raphanus sativus var. oleiformis
EX890961       <-- TGAAACGCAGAACAGACGATCAGCCACCGCAGATCAGCGTCACGTTCGTT  Raphanus sativus var. oleiformis
FD976347       <-- TGAAACGCAGAACAGACGATCAGCCGCCGCAGATCAGCGTCACGTTCGTT  Raphanus raphanistrum subsp. raphanistrum (NY)
EW716222       --> TGAAACGCAGAACAGACGATCAGCCACCGCAGATCAGCGTCACGTTCGTT  Raphanus sativus var. oleiformis
EX886615       --> TGAAACGCAGAACAGACGATCAGCCACCGCAGATCAGCGTCACGTTCGTT  Raphanus sativus var. oleiformis
FD981542       --> TGAAACGCAGAACAGACGATCAGCCGCCGCAGATCAGCGTCACGTTCGTT  Raphanus raphanistrum subsp. raphanistrum (NY)
FD980469       --> TGAAACGCAGAACAGACGATCAGCCGCCGCAGATCAGCGTCACGTTCGTT  Raphanus raphanistrum subsp. raphanistrum (NY)

               301    -    351
UN13991        --> AACGGTGTTGAGGAAGCTTTCGATGCGGCGGCCACGTCAGCTCAGTCCAT
                   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
EW720157       <-- AACGGTGTTGAGGAAGCTTTCGATGCGGCGGCCACGTCAGCTCAGTCCAT  Raphanus sativus var. oleiformis
EX890961       <-- AACGGTGTTGAGGAAGCTTTCGATGCGGCGGCCACGTCAGCTCAGTCCAT  Raphanus sativus var. oleiformis
FD976347       <-- AACGGTGTTGAGGAAGCTTTCGATGCGGCTGCCACGTCGGCCCAGTCCAT  Raphanus raphanistrum subsp. raphanistrum (NY)
EW716222       --> AACGGTGTTGAGGAAGCTTTCGATGCGGCGGCCACGTCAGCTCAGTCCAT  Raphanus sativus var. oleiformis
EX886615       --> AACGGTGTTGAGGAAGCTTTCGATGCGGCGGCCACGTCAGCTCAGTCCAT  Raphanus sativus var. oleiformis
FD981542       --> AACGGTGTTGAGGAAGCTTTCGATGCGGCTGCCACGTCGGCCCAGTCCAT  Raphanus raphanistrum subsp. raphanistrum (NY)
FD980469       --> AACGGTGTTGAGGAAGCTTTCGATGCGGCTGCCACGTCGGCCCAGTCCAT  Raphanus raphanistrum subsp. raphanistrum (NY)

               351    -    401
UN13991        --> CAGGAAGATGATTCTTGACAAAGGGCAGTATCTTGAGACAGAGCAGATGT
                   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
EW720157       <-- CAGGAAGATGATTCTTGACAAAGGGCAGTATCTTGAGACAGAGCAGATGT  Raphanus sativus var. oleiformis
EX890961       <-- CAGGAAGATGATTCTTGACAAAGGGCAGTATCTTGAGACAGAGCAGATGT  Raphanus sativus var. oleiformis
FD976347       <-- CAGGAAGATGATTCTTGATAAAGGTCAGTATCTTGAGACAGAGCAGATGT  Raphanus raphanistrum subsp. raphanistrum (NY)
EW716222       --> CAGGAAGATGATTCTTGACAAAGGGCAGTATCTTGAGACAGAGCAGATGT  Raphanus sativus var. oleiformis
EX886615       --> CAGGAAGATGATTCTTGACAAAGGGCAGTATCTTGAGACAGAGCAGATGT  Raphanus sativus var. oleiformis
FD981542       --> CAGGAAGATGATTCTTGATAAAGGTCAGTATCTTGAGACAGAGCAGATGT  Raphanus raphanistrum subsp. raphanistrum (NY)
FD980469       --> CAGGAAGATGATTCTTGATAAAGGTCAGTATCTTGAGACAGAGCAGATGT  Raphanus raphanistrum subsp. raphanistrum (NY)

               401    -    451
UN13991        --> TCCGTGAAGCCGGGGAGCAGTGGCCTGTTATCATCCCTGAGGAAGAGATT
                   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
EW720157       <-- TCCGTGAAGCCGGGG...................................  Raphanus sativus var. oleiformis
EX890961       <-- TCCGTGAAGCCGGGGAGCAGTGGCCTGTCATCATCCCTGAGGAAGAGATT  Raphanus sativus var. oleiformis
FD976347       <-- TCCGTGAAGCCGGGGAGCAGTGGCCTGTTATCATCCCTGAGGAAGAGATT  Raphanus raphanistrum subsp. raphanistrum (NY)
EW716222       --> TCCGTGAAGCCGGGGAGCAGTGGCCTGTCATCATCCCTGAGGAAGAGATT  Raphanus sativus var. oleiformis
EX886615       --> TCCGTGAAGCCGGGGAGCAGTGGCCTGTCATCATCCCTGAGGAAGAGATT  Raphanus sativus var. oleiformis
FD981542       --> TCCGTGAAGCCGGGGAGCAGTGGCCTGTTATCATCCCTGAGGAAGAGATT  Raphanus raphanistrum subsp. raphanistrum (NY)
FD980469       --> TCCGTGAAGCCGGGGAGCAGTGGCCTGTTATCATCCCTGAGGAAGAGATT  Raphanus raphanistrum subsp. raphanistrum (NY)

               451    -    501
UN13991        --> CACCAAGAAGCTCCTGGTGTCAAGCCGAGGAAAGCAGAAGACAAGAAGCA
                   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
EW720157       <-- ..................................................
EX890961       <-- CACCAAGAAGCTCCTGGTGTCAAGCCGAGGAAAGCAGAAGACAAGAAGCA
FD976347       <-- CACCAAGAAGCTCCTGGTGTCAAGCCGAGGAAAGCAGAAGACAAGAAGCA
EW716222       --> CACCAAGAAGCTCCTGGTGTCAAGCCGAGGAAAGCAGAAGACAAGAAGCA
EX886615       --> CACCAAGAAGCTCCTGGTGTCAAGCCGAGGAAAGCAGAAGACAAGAAGCA
FD981542       --> CACCAAGAAGCTCCTGGTGTCAAGCCGAGGAAAGCAGAAGACAAGAAGCA
FD980469       --> CACCAAGAAGCTCCTGGTGTCAAGCCGAGGAAAGCAGAAGACAAGAAGCA

               501    -    551
UN13991        --> ATGATGCTCTCGCTTGATTTGGGTTTACTCTTGTTGTTCTGTTGGCATGT
                   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
EW720157       <-- ..................................................  Raphanus sativus var. oleiformis
EX890961       <-- ATGATGCTCTCGCTTGATTTGGGTTTACTCTTGTTGTTCTGTTGGCATGT  Raphanus sativus var. oleiformis
FD976347       <-- ATGATGCTCTCGCTTGATTTGGGTTTACTCTTGTTGTTCTGTTGGCATGT  Raphanus raphanistrum subsp. raphanistrum (NY)
EW716222       --> ATGATGCTCTCGCTTGATTTGGGTTTACTCTTGTTGTTCTGTTGGCATGT  Raphanus sativus var. oleiformis
EX886615       --> ATGATGCTCTCGCTTGATTTGGGTTTACTCTTGTTGTTCTGTTGGCATGT  Raphanus sativus var. oleiformis
FD981542       --> ATGATGCTCTCGCTTGATTTGGGTTTACTCTTGTTGTTCTGTTGGCATGT  Raphanus raphanistrum subsp. raphanistrum (NY)
FD980469       --> ATGATGCTCTCGCTTGATTTGGGTTTACTCTTGTTGTTCTGTTGGCATGT  Raphanus raphanistrum subsp. raphanistrum (NY)

               551    -    601
UN13991        --> TTAGCTTTGGGAATGTATAACTCTTGATTGGGATAGATACATCTGTATTG
                   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
EW720157       <-- ..................................................  Raphanus sativus var. oleiformis
EX890961       <-- CTAGCTTTGGGAATGTATAACTCTTGATTGGGATAGATACATCTGTATTG  Raphanus sativus var. oleiformis
FD976347       <-- TTAGCTTTGGGAATGTATAACTCTTGATTGGGATAGATACATCTGTATTG  Raphanus raphanistrum subsp. raphanistrum (NY)
EW716222       --> CTAGCTTTGGGAATGTATAACTCTTGATTGGGATAGATACATCTGTATTG  Raphanus sativus var. oleiformis
EX886615       --> CTAGCTTTGGGAATGTATAACTCTTGATTGGGATAGATACATCTGTATTG  Raphanus sativus var. oleiformis
FD981542       --> TTAGCTTTGGGAATGTATAACTCTTGATTGGGATAGATACATCTGTATTG  Raphanus raphanistrum subsp. raphanistrum (NY)
FD980469       --> TTAGCTTTGGGAATGTATAACTCTTGATTGGGATAGATACATCTGTATTG  Raphanus raphanistrum subsp. raphanistrum (NY)

               601    -    651
UN13991        --> TTTCTTTCTTTATGTGAACCTGAAATGTATGAACTTTTTGATCAGAAGTC
                   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
EW720157       <-- ..................................................  Raphanus sativus var. oleiformis
EX890961       <-- TTTCTTTCTTTATGTGAACCTGAAATGTATGAACTTTTTGATCAGAAGTC  Raphanus sativus var. oleiformis
FD976347       <-- TTTCTTTCTTTATGTGAACCTGAAATGTATGAACTTTT-GATCAGAAGCC  Raphanus raphanistrum subsp. raphanistrum (NY)
EW716222       --> TTTCTTTCTTTATGTGAACCTGAAATGTATGAACTTTTTGATCAGAAGTC  Raphanus sativus var. oleiformis
EX886615       --> TTTCTTTCTTTATGTGAACCTGAAATGTATGAACTTTTTGATCAGAAGTC  Raphanus sativus var. oleiformis
FD981542       --> TTTCTTTCTTTATGTGAACCTGAAATGTATGAACTTTT-GATCAGAAGCC  Raphanus raphanistrum subsp. raphanistrum (NY)
FD980469       --> TTTCTTTCTTTATGTGAACCTGAAATGTATGAACTTTT-GATCAGAAGCC  Raphanus raphanistrum subsp. raphanistrum (NY)

               651    -    701
UN13991        --> ATGAAGTTTAATTCATGTCTTTTCTTTTCTCAATAAGTGGCTGGTGGGGC
                   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
EW720157       <-- ..................................................
EX890961       <-- ATGAAGTTTAt.......................................
FD976347       <-- ATGAAGTTTAATTCATGTCTTTTCTTTTCTCAATAAGTGGCTGGTGGGGC
EW716222       --> ATGAAGTTTAtaaat...................................
EX886615       --> ATGAAGTTTA........................................
FD981542       --> ATGAAGTTTAA.......................................
FD980469       --> ATGAAGTTTAATTCATGTCTTTTCTTTTCTCAATAAGTGGCTGGTGGGGC

               701    -    751
UN13991        --> TTTGTTTCAC
                   ~~~~~~~~~~
EW720157       <-- ..........
EX890961       <-- ..........
FD976347       <-- TTTGTTTCAC
EW716222       --> ..........
EX886615       --> ..........
FD981542       --> ..........
FD980469       --> TTTGTTTCAC