1      -     51
UN24588        --> GGACCATTAACTCACTCTCTTTGAACTCTAACAAGAGGGAGTGAGCGAGA
                   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
EV545394       <-- ........................................GTGAGCGAGA
FD554369       <-- ..................................................
EV550035       --> GGACCATTAACTCACTCTCTTTGAACTCTAACAAGAGGGAGTGAGCGAGA
FD558482       --> .....................TGAGCTCTAACAAGAGGGAGAGAGCGAGA
FD941962       --> ..................................................
EY900617       --> ..................................................

               51     -    101
UN24588        --> GAAAGAGAGAGAGGGAGACTAACCATGCAGCCATATTATGATAGCTCAAG
                   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
EV545394       <-- GAAAGAGAGAGAGGGAGACTAACCATGCAGCCATATTATGATAGCTCAAG
FD554369       <-- ..................................................
EV550035       --> GAAAGAGAGAGAGGGAGACTAACCATGCAGCCATATTATGATAGCTCAAG
FD558482       --> GAAAGAGAGAGAGGGAGACTAACCATGCAGCCATATTATGATAGCTCAAG
FD941962       --> ..................................................
EY900617       --> ..................................................

               101    -    151
UN24588        --> TCTTAACAACATGCAACAACAAGACTACTTCCACTTAAACCACTATTACA
                   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
EV545394       <-- TCTTAACAACATGCAACAACAAGACTACTTCCACTTAAACCACTATTACA
FD554369       <-- ..................................................
EV550035       --> TCTTAACAACATGCAACAACAAGACTACTTCCACTTAAACCACTATTACA
FD558482       --> TCTTAACAACATGCAACAACAAGACTACTTCCACTTAAACCACTATTACA
FD941962       --> ..................................................
EY900617       --> ..................................................

               151    -    201
UN24588        --> ACAACCTAAACTCTTCAACCAATACCAATAATCTTATCCCATACCCTCAA
                   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
EV545394       <-- ACAACCTAAACTCTTCAACCAATACCAATAATCTTATCCCATACCCTCAA
FD554369       <-- ..................................................
EV550035       --> ACAACCTAAACTCTTCAACCAATACCAATAATCTTATCCCATACCCTCAA
FD558482       --> ACAACCTAAACTCTCCAACCAATACCAATAATCTTATCCCATACCCTCAA
FD941962       --> .........................CAATAATCTTATCCCATACCCTCAA
EY900617       --> ..................................................

               201    -    251
UN24588        --> ATTCAAGAACTCAATCTACAATCTCCAGCAAGCAACAACTCTACCACGTC
                   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
EV545394       <-- ATTCAAGAACTCAATCTACAATCTCCAGCAAGCAACAACTCTACCACGTC
FD554369       <-- .......................TCCAGCAAGCAACAACTCTACCACGTC
EV550035       --> ATTCAAGAACTCAATCTACAATCTCCAGCAAGCAACAACTCTACCACGTC
FD558482       --> ATTCAAGAACTCAATCTACAATCTCCAGCAAGCAACAACTCTACCACGTC
FD941962       --> ATTCAAGAACTCAATCTACAATCTCCAGCAAGCAACAACTCTACCACGTC
EY900617       --> ..................................................

               251    -    301
UN24588        --> AGATGAAGCAACTGAAGACATATTCGTGATCAACGAGAGAAAGCAAAGAC
                   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
EV545394       <-- AGATGAAGCAACTGAAGACATATTCGTCATCAACGAGAGAAAGCAAAGAC  Raphanus raphanistrum subsp. raphanistrum (NY)
FD554369       <-- AGATGAAGCAACTGAAGACATATTCGTGATCAACGACAGAAAGCAAAGAC  Raphanus raphanistrum subsp. landra
EV550035       --> AGATGAAGCAACTGAAGACATATTCGTCATCAACGAGAGAAAGCAAAGAC  Raphanus raphanistrum subsp. raphanistrum (NY)
FD558482       --> AGATGAAGCAACTGAAGACATATTCGTGATCAACGACAGAAAGCAAAGAC  Raphanus raphanistrum subsp. landra
FD941962       --> AGATGAAGCAACTGAAGACATATTCGTCATCAACGAGGGAAAGCAAAGAC  Raphanus sativus var. oleiformis
EY900617       --> ......................gTCGTGATCAACGACAGAAAGCAAAGAC  Raphanus raphanistrum subsp. maritimus

               301    -    351
UN24588        --> GTATGGTATCTAACAGAGAATCAGCAAGAAGGTCAAGAATGAGAAAGCAA
                   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
EV545394       <-- GTATGGTATCTAACAGAGAATCAGCAAGAAGGTCAAGAATGAGAAAGCAA
FD554369       <-- GTATGGTATCTAACAGAGAATCAGCAAGAAGGTCAAGAATGAGAAAGCAA
EV550035       --> GTATGGTATCTAACAGAGAATCAGCAAGAAGGTCAAGAATGAGAAAGCAA
FD558482       --> GTATGGTATCTAACAGAGAATCAGCAAGAAGGTCAAGAATGAGAAAGCAA
FD941962       --> GTATGGTATCTAACAGAGAATCAGCAAGAAGGTCAAGAATGAGAAAGCAA
EY900617       --> GTATGGTATCTAACAGAGAATCAGCAAGAAGGTCAAGAATGAGAAAGCAA

               351    -    401
UN24588        --> AGACACCTAGATGAGCTTCTCTCGCAGGTTGCTTGGCTTCGAAGCGAGAA
                   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
EV545394       <-- AGACACCTAGATGAGCTTCTCTCGCAGGTTGCTTGGCTTCGAAGCGAGAA
FD554369       <-- AGACACCTAGATGAGCTTCTCTCGCAGGTTGCTTGGCTTCGAAGCGAGAA
EV550035       --> AGACACCTAGATGAGCTTCTCTCGCAGGTTGCTTGGCTTCGAAGCGAGAA
FD558482       --> AGACACCTAGATGAGCTTCTCTCGCAGGTTGCTTGGCTTCGAAGCGAGAA
FD941962       --> AGACACCTAGATGAGCTTCTCTCGCAGGTTGCTTGGCTTCGAAGCGAGAA
EY900617       --> AGACACCTAGATGAGCTTCTCTCGCAGGTTGCTTGGCTTCGAAGCGAGAA

               401    -    451
UN24588        --> CCAACAGCTTTTGGATAAGCTTAACCAAGCTTCGGATAGCAATGATCTTG
                   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
EV545394       <-- CCAACAGCTTTTAGATAAGCTTAACCAAGCTTCGGATAGCAATGATCTCG  Raphanus raphanistrum subsp. raphanistrum (NY)
FD554369       <-- CCAACAGCTTTTGGATAAGCTTAACCAAGCTTCGGATAGCAATAATCTTG  Raphanus raphanistrum subsp. landra
EV550035       --> CCAACAGCTTTTAGATAAGCTTAACCAAGCTTCGGATAGCAATGATCTCG  Raphanus raphanistrum subsp. raphanistrum (NY)
FD558482       --> CCAACAGCTTTTGGATAAGCTTAACCAAGCTTCGGATAGCAATAATCTTG  Raphanus raphanistrum subsp. landra
FD941962       --> CCAACAGCTTTTAGATAAGCTTAACCACGCTTCGGATAGCAATGATCTCG  Raphanus sativus var. oleiformis
EY900617       --> CCAACAGCTTTTGGATAAGCTTAACCAAGCTTCGGATAGCAATAATCTTG  Raphanus raphanistrum subsp. maritimus

               451    -    501
UN24588        --> TTATTCAAGAGAACTTGAGTCTTAAAGAGGAAAACTTGGAACTTCGTCAA
                   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
EV545394       <-- TTATCCAAGAGAACTTGAGTCTTAAAGAGGAAAACTTGGAACTTCGTCAA  Raphanus raphanistrum subsp. raphanistrum (NY)
FD554369       <-- TTATTCAAGAGAACTTGAGTCTTAAAGAGGAAAACTTGGAACTTCGTCAA  Raphanus raphanistrum subsp. landra
EV550035       --> TTATCCAAGAGAACTTGAGTCTTAAAGAGGAAAACTTGGAACTTCGTCAA  Raphanus raphanistrum subsp. raphanistrum (NY)
FD558482       --> TTATTCAAGAGAACTTGAGTCTTAAAGAGGAAAACTTGGAACTTCGTCAA  Raphanus raphanistrum subsp. landra
FD941962       --> TTATCCAAGAGAACTTGAGTCTTAAAGAGGAAAACTTGGAACTTCGTCAA  Raphanus sativus var. oleiformis
EY900617       --> TTATTCAAGAGAACTTGAGTCTTAAAGAGGAAAACTTGGAACTTCGTCAA  Raphanus raphanistrum subsp. maritimus

               501    -    551
UN24588        --> GTTATCACATCTATGAAGAAGCTTGGAGGAAGCACAAGCATCCATGGAAG
                   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
EV545394       <-- GTTATCGCATCTATGAAGAAGCTTGGAGGAAGCACAAGCATCCAGGGAAG  Raphanus raphanistrum subsp. raphanistrum (NY)
FD554369       <-- GTTATCACATCTATGAAGAAGCTTGGAGGAAGCACAAGCATCCATGGAAG  Raphanus raphanistrum subsp. landra
EV550035       --> GTTATCGCATCTATGAAGAAGCTTGGAGGAAGCACAAGCATCCAGGGAAG  Raphanus raphanistrum subsp. raphanistrum (NY)
FD558482       --> GTTATCACATCTATGAAGAAGCTTGGAGGAAGCACAAGCATCCATGGAAG  Raphanus raphanistrum subsp. landra
FD941962       --> GTTATCACATCTATGAAGAAGCTTGGAGGAAGCACAAGCATCCAGGGAAG  Raphanus sativus var. oleiformis
EY900617       --> GTTATCACATCTATGAAGAAGCTTGGAGGAAGCACAAGCATCCATGGAAG  Raphanus raphanistrum subsp. maritimus

               551    -    601
UN24588        --> ATACTGCTCTTCTTCAGTGGATCATGAGTTGGATCAGGACTTCTCTTGTA
                   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
EV545394       <-- ATACTGCTCTTCTTCAGTGGATCATGAGTTGGATCAGGACTCCTCTTGTA
FD554369       <-- ATACTGCTCTTCTTCAGTGGATCATGAGTTGGATCAGGACTTCTCTTGTA
EV550035       --> ATACTGCTCTTCTTCAGTGGATCATGAGTTGGATCAGGACTCCTCTTGTA
FD558482       --> ATACTGCTCTTCTTCAGTGGATCATGAGTTGGATCAGGACTTCTCTTGTA
FD941962       --> ATACTGCTCTTCT-CAGTGGATCATGAGTTGGATCAGGACTTCTCTTGTA
EY900617       --> ATACTGCTCTTCTTCAGTGGATCATGAGTTGGATCAGGACTTCTCTCGTA

               601    -    651
UN24588        --> TTACTGATGATCCAAGGACTTATCATCCATCTTGAGTTGTTCGTTCTGAT
                   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
EV545394       <-- TTACTGATGATCCAAGGACTTATCATCCATCTTGAGTCGTTCGTTCTGAT
FD554369       <-- TTACTGATGATCCAAGGACTTATCATCCATCTTGAGTTGTTCGTTCTGAT
EV550035       --> TTACTGATGATCCAAGGACTTATCATCCATCTTGAGTCGTTCGTTCTGAT
FD558482       --> TTACTGATGATCCAAGGACTTATCATCCATCTTGAGTTGTTCGTTCTGAT
FD941962       --> TTACTGATGATCCAAGGACTTATCATCCATCTTGAGTTGTTCGTTCTGAT
EY900617       --> TTACTGATGATCCAAGGACTTATCATCCATCTTGAGTTGTTCGTTCTGAT

               651    -    701
UN24588        --> CAACTCTAAGTTTCTACCTCTAATCTATCTTATTTTCTCTTTGTATCCAC
                   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
EV545394       <-- CAACTCTAAGTTTCTACCTCTAATCTATCTTATGTTCTCTTTGCATCCAC  Raphanus raphanistrum subsp. raphanistrum (NY)
FD554369       <-- CAACTCTAAGTTTCTACCTCTAATCTATCTTATTTTCTCTTTGTATCCAC  Raphanus raphanistrum subsp. landra
EV550035       --> CAACTCTAAGTTTCTACCTCTAATCTATCTTATGTTCTCTTTGCATCCAC  Raphanus raphanistrum subsp. raphanistrum (NY)
FD558482       --> CAACTCTAAGTTTCTACCTCTAATCTATCTTATTTTCTCTTTGTATC-AC  Raphanus raphanistrum subsp. landra
FD941962       --> CAACTCTAAGTTTCTACCTCTAATCTATCTTATGTTCTCTTTGTATCCAC  Raphanus sativus var. oleiformis
EY900617       --> CAACTCTAAGTTTCCACCTCTAATCTATCTTATTTTCTCTTTGTATCCAC  Raphanus raphanistrum subsp. maritimus

               701    -    751
UN24588        --> AAAACTCTGGCTCATATATATCTTTATGAGCCGAGAACAAAGTGGATTTT
                   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
EV545394       <-- AAAACTCTGGCTCATATATATCTTTATGAGCCGAGAACAAAGTGGATTTT  Raphanus raphanistrum subsp. raphanistrum (NY)
FD554369       <-- AAAACTCTGGCTCATATATATCTTTATGAGCCGAGAACAAAGTGGATTTT  Raphanus raphanistrum subsp. landra
EV550035       --> AAAACTCTGGCTCATATATATCTTTATGAGCCGAGAACAAAGTGGATTTT  Raphanus raphanistrum subsp. raphanistrum (NY)
FD558482       --> AAAACTCTGGCTCATATATATCTTTATGAGCCGAGAACAAAGTGGATTTT  Raphanus raphanistrum subsp. landra
FD941962       --> AAAACTCTGGCTCATATATATCTTTATGAGCCGAGAACAAAGTGGATTTT  Raphanus sativus var. oleiformis
EY900617       --> AAAACTCTGGCTCATATATATCTTTATGAGCCGAGAACAAAGTGGATTTT  Raphanus raphanistrum subsp. maritimus

               751    -    801
UN24588        --> TATGTAATTTTTT-CTGTGGGCTAGACTTAGGTCTTGCACCGTTGAAACG
                   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
EV545394       <-- -GTGTAATTTTTTTCTGTGGGCCAGACTTAGGTCTTGCACCGTTGAAACG  Raphanus raphanistrum subsp. raphanistrum (NY)
FD554369       <-- TATGTAATTTTTT-CTGTGGGCTAGACTTAGGTCTTGCACCGTTGAAACG  Raphanus raphanistrum subsp. landra
EV550035       --> -GTGTAATTTTTTTCTGTGGGCCAGACTTAG-TCTTGCACCGTTGAAACG  Raphanus raphanistrum subsp. raphanistrum (NY)
FD558482       --> TATGT.............................................  Raphanus raphanistrum subsp. landra
FD941962       --> -ATGTAATTTTTT-CTGTGGGCTAGACTTAGGTCTTGCACCGTTGAAACG  Raphanus sativus var. oleiformis
EY900617       --> TATGTAATTTTTT-CTGTGGGCTAGACTTAGGTCTTGCACCGTTGAAACG  Raphanus raphanistrum subsp. maritimus

               801    -    851
UN24588        --> TTACTTTTATAACGGTTTAACTACGTACCAAAGTATGAGCTTTCTTTTCT
                   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
EV545394       <-- TTACTTTTAGAACGGTTTAACTACGTACC.....................
FD554369       <-- TTACTTTTATAACGGTTTA...............................
EV550035       --> TTACTTT...........................................
FD558482       --> ..................................................
FD941962       --> TTACTTTTAGAACGGTTTAACTACGTACCAAAGTATGAGCTTTCTTTTCT
EY900617       --> TTACTTTTATAACGGTTT................................

               851    -    901
UN24588        --> AGCTATTTGCGATCATGAATAATGATTTGGAATATTGCTTGAGCTCTCTA
                   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
EV545394       <-- ..................................................
FD554369       <-- ..................................................
EV550035       --> ..................................................
FD558482       --> ..................................................
FD941962       --> AGCTATTTGCGATCATGAATAATGATTTGGAATATTGCTTGAGCTCTCTA
EY900617       --> ..................................................

               901    -    951
UN24588        --> TATGTTATAATCTAGTTTTGTATAAAATATA
                   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
EV545394       <-- ...............................
FD554369       <-- ...............................
EV550035       --> ...............................
FD558482       --> ...............................
FD941962       --> TATGTTATAATCTAGTTTTGTATAAAATATA
EY900617       --> ...............................