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Alignment for radish unigene UN25351

               1      -     51
UN25351        --> GATTGTGGATCTTGTTAGCCAATGTCGCACCTATAAACAAAGAGTAGTTC
                   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
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               51     -    101
UN25351        --> ACCTCGTAAACTCTACATCAGATGAATCATTGCTTTGCCAAGGCCTAGCC
                   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
FD945321       <-- ..................................................
EV573031       <-- ..................................................
EV531360       <-- ..................................................
EV573589       <-- ..................................................
FD545774       <-- ..................................................
FD949707       --> ACCTCGTAAACTCTACATCAGATGAATCATTGCTTTGCCAAGGCCTAGCC
EV568264       --> ..................................................
EV568980       --> ..................................................
FD549739       --> ..................................................
EW726754       --> ..................................................
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               101    -    151
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                   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
FD945321       <-- ..................................................
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EV531360       <-- ..................................................
EV573589       <-- ..................................................
FD545774       <-- ..................................................
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FD549739       --> ..................................................
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               151    -    201
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                   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
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               201    -    251
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                   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
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               251    -    301
UN25351        --> TGGCTTCTGCAACCAATGGTCAAAAAGTAGATCTTCTTAGTGGAGATGAC
                   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
FD945321       <-- ..................................................
EV573031       <-- ..................................................
EV531360       <-- ..................................................
EV573589       <-- ..................................................
FD545774       <-- ..................................................
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               301    -    351
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                   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
FD945321       <-- ..................................................
EV573031       <-- ..................................................
EV531360       <-- ..................................................
EV573589       <-- ..................................................
FD545774       <-- ..................................................
FD949707       --> TTTGAGACACCGAATGGAGATAACTCACTAGCTCTTGCCCCTCTTGGACC
EV568264       --> ..................................................
EV568980       --> ..................................................
FD549739       --> ..................................................
EW726754       --> ..................................................
EV527022       --> ..................................................

               351    -    401
UN25351        --> TGCACAACCAAGTAGCCCTGTTCCAACCCCAGATAATTCTATGGTCTTAA
                   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
FD945321       <-- ..................................................
EV573031       <-- ..................................................
EV531360       <-- ..................................................
EV573589       <-- ..................................................
FD545774       <-- ..................................................
FD949707       --> TGCACAACCAAGTAGCCCTGTTCCAACCCCAGATAATTCTATGGTCTTAA
EV568264       --> ..................................................
EV568980       --> ..................................................
FD549739       --> ..................................................
EW726754       --> ..................................................
EV527022       --> ..................................................

               401    -    451
UN25351        --> TCGACATGTTATCAGATAATAACTGTGAAAGCTCTACTCCAACTTCTAGT
                   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
FD945321       <-- ..................................................
EV573031       <-- ..................................................
EV531360       <-- ..................................................
EV573589       <-- ..................................................
FD545774       <-- ..................................................
FD949707       --> TCGACATGTTATCAGATAATAACTGTGAAAGCTCTACTCCAACTTCTAGT
EV568264       --> ..................................................
EV568980       --> ..................................................
FD549739       --> ..................................................
EW726754       --> ..................................................
EV527022       --> ..................................................

               451    -    501
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                   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
FD945321       <-- ..................................................
EV573031       <-- ..................................................
EV531360       <-- ..................................................
EV573589       <-- ..................................................
FD545774       <-- ..................................................
FD949707       --> CCACACTCTCATAATCAGATGGTACCACAAAACTACTCAAATGGATTTGG
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EW726754       --> ..................................................
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               501    -    551
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                   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
FD945321       <-- ..................................................
EV573031       <-- ..................................................
EV531360       <-- ..................................................
EV573589       <-- ..................................................
FD545774       <-- ..................................................
FD949707       --> ACAAGGGTCATCTGGTCCTGTCTGGAATCTCCAGATTACCCAGCAACCAT
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EW726754       --> ..................................................
EV527022       --> ..................................................

               551    -    601
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                   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
FD945321       <-- ...............................................AGC
EV573031       <-- ..................................................
EV531360       <-- ..................................................
EV573589       <-- ..................................................
FD545774       <-- ..................................................
FD949707       --> CTTCTCCTGCATATGGAAACCAAAACCAACCCTTTTCACCTACCTTTAGC
EV568264       --> CTTCTCCTGCATATGGAAACCAAAACCAACCCTTTTCACCTACCTTTAGC
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FD549739       --> .........................gCAACCCTTTTCACCTACCTTTAGC
EW726754       --> ..................................................
EV527022       --> ..................................................

               601    -    651
UN25351        --> CCGCCAGTCTCACCTCACTATGGTGGACAAAACAACAATGTTTTAGCACT
                   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
FD945321       <-- CCGCCAGTCTCACCTCACTATGGTGGACAAAACAACAATGTTTTAGCACT
EV573031       <-- ..................................................
EV531360       <-- ..................................................
EV573589       <-- ..................................................
FD545774       <-- ..................................................
FD949707       --> CCGCCAGTCTCACCTCACTATGGT..........................
EV568264       --> CCGCCAGTCTCACCTCACTATGGTGGACAAAACAACAATGTTTTAGCACT
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FD549739       --> CCGCCAGTCTCACCTCACTATGGTGGACAAAACAACAATGTTTTAGCACT
EW726754       --> ..................................................
EV527022       --> ..................................................

               651    -    701
UN25351        --> GCCACCACCACCATGGGAAGCTCAATCTCCAAGCTCTAGTCCTCACTACT
                   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
FD945321       <-- ACCACCACCACCATGGGAAGCTCAATCTCCAAGCTCTAGTCCTCACTACT
EV573031       <-- .........ACCATGGGAAGCTCAATCTCCAAGCTCTAGTCCTCACTACT
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FD545774       <-- ..................................................
FD949707       --> ..................................................
EV568264       --> GCCACCACCACCATGGGAAGCTCAATCTCCAAGCTCTAGTCCTCACTACT
EV568980       --> GCCACCACCACCATGGGAAGCTCAATCTCCAAGCTCTAGTCCTCACTACT
FD549739       --> ACCACCACCACCATGGGAAGCCCAATCTCCAAGCTCTAGTCCTCACTACT
EW726754       --> ..................................................
EV527022       --> ..................................................

               701    -    751
UN25351        --> CTCCTACTCACCCGATGCAAGTGACTCAAGTTGTCATCACGACACACACT
                   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
FD945321       <-- CTCCTACTCACCCGATGCAAGTGACTCAAGTTGTCATCACGACACACACT
EV573031       <-- CTCCTACTCACCCGATGCAAGTGACTCAAGTTGTCATCACGACACACACT
EV531360       <-- CTCCTACTCACCCGATGCAAGTGACTCAAGTTGTCATCACGACACACACT
EV573589       <-- CTCCTACTCACCCGATGCAAGTGACTCAAGTTGTCATCACGACACACACT
FD545774       <-- .......TCACCCGATGCAAGTGACTCAAGTTGTCATCACGACACACACT
FD949707       --> ..................................................
EV568264       --> CTCCTACTCACCCGATGCAAGTGACTCAAGTTGTCATCACGACACACACT
EV568980       --> CTCCTACTCACCCGATGCAAGTGACTCAAGTTGTCATCACGACACACACT
FD549739       --> CTCCTACTCACCCGATGCAAGTGACTCAAGTTGTCATCACGACACACACT
EW726754       --> ......gTCACCCGATGCAAGTGACTCAAGTTGTCATCACGACACACACT
EV527022       --> ..................................CATCACGACACACACT

               751    -    801
UN25351        --> CATCAACCGCTAGGTTACAACCCTCAAGG-TGGCTCTCCTCATGCTCTCA
                   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
FD945321       <-- CATCAACCGCTAGGTTACAACCCTCAAGG-TGGCTCTCCTCATGCTCTCA
EV573031       <-- CATCAACCGCTAGGTTACAACCCTCAAGG-TGGCTCTCCTCATGCTCTCA
EV531360       <-- CATCAACCGCTAGGTTACAACCCTCAAGG-TGGCTCTCCTCATGCTCTCA
EV573589       <-- CATCAACCGCTAGGTTACAACCCTCAAGG-TGGCTCTCCTCATGCTCTCA
FD545774       <-- CATCAACCGCTAGGTTACAACCCTCAAGG-TGGCTCTCCTCATGCTATCA
FD949707       --> ..................................................
EV568264       --> CATCAACCGCTAGGTTACAACCCTCAAGG-TGGCTCTCCTCATGCTCTCA
EV568980       --> CATCAACCGCTAGGTTACAACCCTCAAGG-TGGCTCTCCTCATGCTCTCA
FD549739       --> CATCAACCGCTAGGTTACAACCCTCAAGG-TGGCTCTCCTCATGCTATCA
EW726754       --> CATCAACCGCTAGGTTACAACCCTCAAGG-TGGCTCTCCTCATGCTCTCA
EV527022       --> CATCAACCGCTAGGTTACAACCCTCAAGGGTGGCTCTCCTCATGCTCTCA

               801    -    851
UN25351        --> ACAACCCTCAAGGTGGCTCTCCTTATGCTATCAACAACAACAATAACATG
                   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
FD945321       <-- ACAACCCTCAAGGTGGCTCTCCTTATGCTATCAACAACAACAATA--ATG
EV573031       <-- ACAACCCTCAAGGTGGCTCTCCTTATGCTATCAACAACAACAATAACATG
EV531360       <-- ACAACCCTCAAGGTGGCTCTCCTTATGCTATCAACAACAACAATAACATG
EV573589       <-- ACAACCCTCAAGGTGGCTCTCCTTATGCTATCAACAACAACAATAACATG
FD545774       <-- ACAACCCTCAAGGTGGCTCTCCTTATGCTATCAACAACAACAATAACATG
FD949707       --> ..................................................
EV568264       --> ACAACCCTCAAGGTGGCTCTCCTTATGCTATCAACAACAACAATAACATG
EV568980       --> ACAACCCTCAAGGTGGCTCTCCTTATGCTATCAACAACAACAATAACATG
FD549739       --> ACAACCCTCAAGGTGGCTCTCCTTATGCTATCAACAACAACAATAACATG
EW726754       --> ACAACCCTCAAGGTGGCTCTCCTTATGCTATCAACAACAACAATAACATG
EV527022       --> ACAACCCTCAAGGTGGCTCTCCTTATGCTATCAACAACAACAATAACATG

               851    -    901
UN25351        --> TTCGGTATGATCCCCTCTCCAATGACAGGAGGCCACATGCAACCCTTCGG
                   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
FD945321       <-- TTCGGTATGATCCCCTCTCCAATGACAGGAGGCCACATGCAACCCTTCGG
EV573031       <-- TTCGGTATGATCCCCTCTCCAATGACAGGAGGCCACATGCAACCCTTCGG
EV531360       <-- TTCGGTATGATCCCCTCTCCAATGACAGGAGGCCACATGCAACCCTTCGG
EV573589       <-- TTCGGTATGATCCCCTCTCCAATGACAGGAGGCCACATGCAACCCTTCGG
FD545774       <-- TTCGGTATGATCCCCTCTCCAATGACAGGAGGCCACATGCAACCCTTCGG
FD949707       --> ..................................................
EV568264       --> TTCGGTATGATCCCCTCTCCAATGACAGGAGGCCACATGCAACCCTTCGG
EV568980       --> TTCGGTATGATCCCCTCTCCAATGACAGGAGGCCACATGCAACCCTTCGG
FD549739       --> TTCGGTATGATCCCCTCTCCAATGACAGGAGGCCACATGCAACCCTTCGG
EW726754       --> TTCGGTATGATCCCCTCTCCAATGACAGGAGGCCACATGCAACCCTTCGG
EV527022       --> TTCGGTATGATCCCCTCTCCAATGACAGGAGGCCACATGCAACCCTTCGG

               901    -    951
UN25351        --> CCATCAGAATCCTGCTGCCATGTACGGAGGCTACGGAGGACAACCTCAGC
                   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
FD945321       <-- CCATCAGAATCCTGCTGCCATGTACGGAGGCTACGGAGGACAACCTCAGC
EV573031       <-- CCATCAGAATCCTGCTGCCATGTACGGAGGCTACGGAGGACAACCTCAGC
EV531360       <-- CCATCAGAATCCTGCTGCCATGTACGGAGGCTACGGAGGACAACCTCAGC
EV573589       <-- CCATCAGAATCCTGCTGCCATGTACGGAGGCTACGGAGGACAACCTCAGC
FD545774       <-- CCATCAGAATCCTGCTGCCATGTACGGAGGCTACGGAGGACAACCTCAGC
FD949707       --> ..................................................
EV568264       --> CCATCAGAATCCTGCTGCCATGTACGGAGGCTACGGAGGACAACCTCAGC
EV568980       --> CCATCAGAATCCTGCTGCCATGTACGGAGGCTACGGAGGACAACCTCAGC
FD549739       --> CCATCAGAATCCTGCTGCCATGTACGGAGGCTACGGAGGACAACCTCAGC
EW726754       --> CCATCAGAATCCTGCTGCCATGTACGGAGGCTACGGAGGACAACCTCAGC
EV527022       --> CCATCAGAATCCTGCTGCCATGTACGGAGGCTACGGAGGACAACCTCAGC

               951    -   1001
UN25351        --> CACCACAACAGTATTTTGGTGAACAACAAATGTATGGAGGCTATGGAGGA
                   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
FD945321       <-- CACCACAACAGTATTTTGGTGAACAACAAATGTATGGAGGCTATGGAGGA  Raphanus sativus cv Early Scarlet Globe
EV573031       <-- CACCACAACAGTATTTTGGTGAACAACAAATGTATGGAGGCTATGGAGGG  Raphanus raphanistrum subsp. landra
EV531360       <-- CACCACAACAGTATTTTGGTGAACAACAAATGTATGGAGGCTATGGAGGA  Raphanus raphanistrum subsp. maritimus
EV573589       <-- CACCACAACAGTATTTTGGTGAACAACAAATGTATGGAGGCTATGGAGGG  Raphanus raphanistrum subsp. landra
FD545774       <-- CACCACAACAGTATTTTGGTGAACAACAAATGTATAGAGGCTATGGAGGA  Raphanus raphanistrum subsp. raphanistrum (NY)
FD949707       --> ..................................................  Raphanus sativus cv Early Scarlet Globe
EV568264       --> CACCACAACAGTATTTTGGTGAACAACAAATGTATGGAGGCTATGGAGGG  Raphanus raphanistrum subsp. landra
EV568980       --> CACCACAACAGTATTTTGGTGAACAACAAATGTATGGAGGCTATGGAGGG  Raphanus raphanistrum subsp. landra
FD549739       --> CACCACAACAGTATTTTGGTGAACAACAAATGTATAGAGGCTATGGAGGA  Raphanus raphanistrum subsp. raphanistrum (NY)
EW726754       --> CACCACAACAGTATTTTGGTGAACAACAAATGTATGGAGGCTATGGAGGA  Raphanus sativus cv Early Scarlet Globe
EV527022       --> CACCACAACAGTATTTTGGTGAACAACAAATGTATGGAGGCTATGGAGGA  Raphanus raphanistrum subsp. maritimus

               1001   -   1051
UN25351        --> CAACCTCAGCCACCACAAGAGTTAGAACAACAAATGTATGGAATGTCACT
                   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
FD945321       <-- CAACCTCAGCCACCACAAGAGTTAGAACAACAAATGTATGGAATGTCACT
EV573031       <-- CAACCTCAGCCACCACAAGAGTTAGAACAACAAATGTATGGAATGTCACT
EV531360       <-- CAACCTCAGCCACCACAAGAGTTAGAACAACAAATGTGTGGAATGTCACT
EV573589       <-- CAACCTCAGCCACCACAAGAGTTAGAACAACAAATGTATGGAATGTCACT
FD545774       <-- CAACCTCAGCCACCACAAGAGTTAGAACAACAAATGTATGGAATGTCACT
FD949707       --> ..................................................
EV568264       --> CAACCTCAGCCACCACAAGAGTTAGAACAACAAATGTATGGAATGTCACT
EV568980       --> CAACCTCAGCCACCACAAGAGTTAGAACAACAAATGTATGGAATGTCACT
FD549739       --> CAACCTCAGCCACCACAAGAGTTAGAACAACAAATGTATGGAATGTCACT
EW726754       --> CAACCTCAGCCACCACAAGAGTTAGAACAACAAATGTATGGAATGTCACT
EV527022       --> CAACCTCAGCCACCACAAGAGTTAGAACAACAAATGTGTGGAATGTCACT

               1051   -   1101
UN25351        --> TCAAGACAATGGAACCAGCAATGG-CAACCCCTACCAAGTGTCTTCTCAT
                   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
FD945321       <-- TCAAGACAATGGAACCAGCAATGG-CAACCCCTACCAAGTGTCTTCTCAT  Raphanus sativus cv Early Scarlet Globe
EV573031       <-- T--CGACAATGGAACCAGCAATGG-CAACCCCTACCAAGTGTCTTCTCAT  Raphanus raphanistrum subsp. landra
EV531360       <-- TCAAGACAATGGAACCAGCAATGG-CAACCCCTACCAAGTGTCTTCTCAT  Raphanus raphanistrum subsp. maritimus
EV573589       <-- T--CGACAATGGAACCAGCAATGG-CAACCCCTACCAAGTGTTTTTTCAT  Raphanus raphanistrum subsp. landra
FD545774       <-- TCAAGACAATGGAACCAGCAATGG-CAACCCCTACCAAGTGTCTTCTCAT  Raphanus raphanistrum subsp. raphanistrum (NY)
FD949707       --> ..................................................  Raphanus sativus cv Early Scarlet Globe
EV568264       --> TC--GACAATGGAACCAGCAATGG-CAACCCCTACCAAGTGTCTTCTCAT  Raphanus raphanistrum subsp. landra
EV568980       --> TC--GACAATGGAACCAGCAATGG-CAACCCCTACCAAGTGTCTTCTCAT  Raphanus raphanistrum subsp. landra
FD549739       --> TCAAGACAATGGAACCAGCAATGG-CAACCCCTACCAAGTGTCTTCTCAT  Raphanus raphanistrum subsp. raphanistrum (NY)
EW726754       --> TCAAGACAATGGAACCAGCAATGG-CAACCCCTACCAAGTGTCTTCTCAT  Raphanus sativus cv Early Scarlet Globe
EV527022       --> TCAAGACAATGGAACCAGCAATGGGCAACCCCTACCAAGTGTCTTCTCAT  Raphanus raphanistrum subsp. maritimus

               1101   -   1151
UN25351        --> CCTTCGGGTCTTAATTATCAGCAACCAATGATGAAACCTGTGAACAAGAA
                   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
FD945321       <-- CCATCGGGTTTTAATTATCAGCAACCAATGATGAAACCTGTGAACAAGAA
EV573031       <-- CCTTCGGGTTTTAATTATCAGCAACCAATGATGAAACCTGTGAACAAGAA
EV531360       <-- CCTTCGGGTCTTAATTATCAGCAACCAATGATGAAACCTGTGAACAAGAA
EV573589       <-- CCTTCGGGTTTTAATTATCAGCAACCAATGATGAAACCTGTGAACAAGAA
FD545774       <-- CCTTCGGGTCTTAATTATCAGCAACCAATGATGAAACCTGTGAACAAGAA
FD949707       --> ..................................................
EV568264       --> CCTTCGGGTCTTAATTATCAGCAACCAATGATGAAACCTGTGAACA-GAA
EV568980       --> CCTTCGGGTCTTAATTATCAGCAACCAATGATGAAACCTGTGAACAAGAA
FD549739       --> CCTTCGGGTCTTAATTATCAGCAACCAATGATGAAACCTGTGAACAAGAA
EW726754       --> CCTTCGGGTCTTAATTATCAGCAACCAATGATGAAACCTGTGAACAAGAA
EV527022       --> CCTTCGGGTCTTAATTATCAGCAACCAATGATGAAACCTGTGAACA-G-A

               1151   -   1201
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                   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
FD945321       <-- ACCAGAGGACAAGTTGTTTGGAGATCTTGTTGAACTCTCCAAGAACAAGA  Raphanus sativus cv Early Scarlet Globe
EV573031       <-- ACCAGAGGACAAGTTGTTTGGAGATCTTGTTGAACTATCCAAGAACAAGG  Raphanus raphanistrum subsp. landra
EV531360       <-- ACCAGAGGACAAGTTGTTTGGAGATCTTGTTGAACTCTCCAAGAACAAGA  Raphanus raphanistrum subsp. maritimus
EV573589       <-- ACCAGAGGACAAGTTGTTTGGAGATCTTGTTGAACTATCCAAGAACAAGG  Raphanus raphanistrum subsp. landra
FD545774       <-- ACCAGAGGACAAGTTGTTTGGAGATCTTGTTGAACTCTCCAAGAACAAGA  Raphanus raphanistrum subsp. raphanistrum (NY)
FD949707       --> ..................................................  Raphanus sativus cv Early Scarlet Globe
EV568264       --> ACCAGAG-AC-AGTTGTTTGGAGATCTTGTTGAACTATCCA-G-ACAAG-  Raphanus raphanistrum subsp. landra
EV568980       --> ACCAGAGGACAAGTTGTTTGGAGATCTTGTTGAACTATCCAAG.......  Raphanus raphanistrum subsp. landra
FD549739       --> ACCAGAGGACAAGTTGTTTGGAGATCTTGTTGAACTCTCCAAGAACAAGA  Raphanus raphanistrum subsp. raphanistrum (NY)
EW726754       --> ACCAGAGGACAAGTTGTCTGGAGATCTTGTTGAACTCTCCAAGAACAAGA  Raphanus sativus cv Early Scarlet Globe
EV527022       --> ACCAGAGGACAgt.....................................  Raphanus raphanistrum subsp. maritimus

               1201   -   1251
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                   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
FD945321       <-- AGCCTACTGAACGAGCCGGTAGTATGTAAAACCTCATATTTTTCACCAGT
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FD949707       --> ..................................................
EV568264       --> AGCCTACTGAACGAGCCGGTAGTATGTAAA-CCTCACATTTT-CA-CAGT
EV568980       --> ..................................................
FD549739       --> AGCCTACTGAACGAGCCGGTAGTATGTAAACCCTCACATTTTTCACCAGT
EW726754       --> AGCCTACTGAACGAGCCGGTAGTATGTAAAACCTCATATTTTTCACCAGT
EV527022       --> ..................................................

               1251   -   1301
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                   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
FD945321       <-- TTTTATAGAGTTTTTAAAATTTTCATGTTGACTTTATACAATTTTTAAAA
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FD949707       --> ..................................................
EV568264       --> TTTT..............................................
EV568980       --> ..................................................
FD549739       --> TTTTATAGAGTTTT-AAAATTT-CATGTTGACTTTATAGAATT.......
EW726754       --> TTTTATAGAGTTTTTAAAATTTTCATGTTGACTTTATACAATTTTTAAAA
EV527022       --> ..................................................

               1301   -   1351
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                   ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
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EV531360       <-- ATAATTCTGAATTATTCCTTTGcc..........................
EV573589       <-- ATAATTTTGAATTATTCCTTTGTCACCAAAAGTGAATAACATCATCATTT
FD545774       <-- ATAATTCTGAATTATTCCTTTGGCACCAAAAGTGAATAACATCATCATTT
FD949707       --> ..................................................
EV568264       --> ..................................................
EV568980       --> ..................................................
FD549739       --> ..................................................
EW726754       --> ATAATTCTGAATTATTCATTTGTCACCAAAAGTGAATAACATCATCATTT
EV527022       --> ..................................................

               1351   -   1401
UN25351        --> TCATCG
                   ~~~~~~
FD945321       <-- TCATCG
EV573031       <-- TCATtg
EV531360       <-- ......
EV573589       <-- TCATtg
FD545774       <-- TCATtc
FD949707       --> ......
EV568264       --> ......
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FD549739       --> ......
EW726754       --> T.....
EV527022       --> ......